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溴结构域和超末端结构域蛋白家族编码基因胚系罕见变异与中国部分地区人群恶性肿瘤易感性的关系
文献摘要：
目的:探讨溴结构域和超末端结构域蛋白（BET）家族编码基因胚系罕见变异与中国部分地区人群恶性肿瘤易感性的关系。方法:针对溴结构域蛋白2（BRD2）、BRD3、BRD4基因设计捕获探针，利用Illumina高通量测序平台，对2015年10月至2018年7月解放军总医院、广西医科大学第二附属医院、湖北省麻城市人民医院以及北京吉因加科技有限公司募集的1 673例恶性肿瘤患者和1 661例非肿瘤对照者的外周血白细胞基因组DNA进行靶向测序。根据基因组分析工具包（GATK）最佳实践指南进行变异检测分析，采用ANNOVAR、VEP软件进行注释，筛选BET家族中胚系罕见变异。为了确定潜在致病性胚系罕见变异，在ClinVar数据库中检索其致病性的临床和实验证据，并采用SIFT和PolyPhen-2软件预测变异的致病性。以Fisher′s 精确检验比较病例组和对照组变异率的差异，采用SKAT软件将性别、年龄作为协变量进行多因素回归分析。结果:1 673例肿瘤患者中，男911例，女762例；年龄（57.9±11.7）岁；肺癌1 111例（66.4%），肠癌266例（15.9%），乳腺癌186例（11.1%），食管癌或胃癌110例（6.6%），同期招募非肿瘤对照1 661例，其中男821例，女840例；年龄（44.5±13.9）岁。BRD2基因中共有4个潜在致病性胚系罕见变异，且这4个变异仅存在于17例肿瘤患者中。从肿瘤患者和非肿瘤对照中共筛选出5个存在于BRD3基因上的潜在致病性胚系罕见变异，以及8个存在于BRD4基因上的潜在致病性胚系罕见变异。BRD2基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为1.02%（17/1 673），高于非肿瘤对照［0（0/1 661）；
OR=+∞，95%
CI：4.81~+∞，
P<0.001］。BRD3基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.24%（4/1 673），与非肿瘤对照相比，差异无统计学意义［0.12%（2/1 661）；
OR=1.99，95%
CI：0.46~10.47，
P=0.690］。BRD4基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.18%（3/1 673），与非肿瘤对照相比，差异无统计学意义［0.36%（6/1 661）；
OR=0.50，95%
CI：0.14~2.08，
P=0.340］。进一步将“华表计划”中国人群全外显子测序数据集用作对照，BRD2基因在肿瘤患者中的变异率为17/3 346（0.51%），明显高于对照［0.07%（3/4 154）；
OR=7.07，95%
CI：2.32~22.83，
P<0.001］。17例携带BRD2基因4个潜在致病性胚系罕见变异患者中，肺癌9例，肠癌6例，乳腺癌1例，食管癌或胃癌1例。BRD2基因在肺癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.81（9/1 111），高于非肿瘤对照［0（0/1 661）；
OR=+∞，95%
CI：3.95~+∞，
P<0.001］；BRD2基因在肠癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为2.26%（6/266），明显高于非肿瘤对照［0（0/1 661）；
OR=+∞，95%
CI：9.03~+∞，
P<0.001］。携带BRD2基因罕见变异的患者具有更早的肠癌发病年龄［（47.0±7.4）比（57.2±12.1）岁，
P=0.017］。
结论:BRD2基因可能是肺癌、肠癌的候选遗传易感基因，携带BRD2基因潜在致病性胚系罕见变异具有更高的肺癌、肠癌发病风险以及更早的肠癌发病年龄。
文献关键词：
肿瘤;溴结构域和超末端结构域;肿瘤易感性;胚系罕见变异;肺癌;肠癌;横断面研究
中图分类号：
作者姓名：
黄烨;李君辉;王欣;邹煜;黄文锋;刘铖;张红星
作者机构：
安徽医科大学基础医学院，合肥 230032;北京生命组学研究所 国家蛋白质科学中心 北京蛋白质组研究中心 蛋白质组学国家重点实验室，北京 102206;解放军总医院第三医疗中心口腔科，北京 100039;广西医科大学第二附属医院肿瘤内科，南宁 530007;湖北省麻城市人民医院骨科，麻城 438300
文献出处：
引用格式：
[1]黄烨;李君辉;王欣;邹煜;黄文锋;刘铖;张红星-.溴结构域和超末端结构域蛋白家族编码基因胚系罕见变异与中国部分地区人群恶性肿瘤易感性的关系)[J].中华医学杂志,2022(42):3374-3381
A类：
胚系罕见变异,BRD2,BRD3,SKAT
B类：
溴结构域和超末端结构域,白家,编码基因,肿瘤易感性,BET,BRD4,Illumina,高通量测序平台,解放军总医院,麻城市,募集,恶性肿瘤患者,外周血白细胞,靶向测序,基因组分析,工具包,GATK,最佳实践,实践指南,变异检测,检测分析,ANNOVAR,VEP,致病性,ClinVar,SIFT,PolyPhen,软件预测,Fisher,协变量,多因素回归分析,肠癌,食管癌,胃癌,招募,中男,仅存,华表,中国人群,全外显子测序,序数,肺癌患者,更早,发病年龄,遗传易感,易感基因,发病风险,横断面研究
AB值：
0.158353
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