典型文献
基于生物信息学筛选唐氏综合征胎儿脑病变相关基因及信号通路
文献摘要:
目的:基于生物信息学分析,筛选唐氏综合征(DS)胎儿脑病变相关基因及信号通路,探究其在DS神经病变发生发展中的潜在作用机制。方法:回顾性研究。2021年12月从基因表达数据库下载数据集GSE59630,利用R软件筛选DS和正常胎儿脑组织之间的差异表达基因(DEGs),并对其进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和基因集富集分析(GSEA)。利用基因相互作用检索工具在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,确定核心模块及核心基因。采用实时定量聚合酶链反应在3对22~33周龄DS和正常胎儿脑组织中验证神经退行性变相关核心基因的表达变化。结果:从DS和正常胎儿脑组织中共筛选出225个DEGs,其中18个为上调基因,207个为下调基因。GO功能富集分析显示DEGs主要富集在神经发生、神经元凋亡、转录调控、线粒体能量代谢等过程,KEGG通路富集分析显示DEGs与多种神经退行性疾病有关,GSEA提示细胞凋亡、炎症反应在DS神经病变发生中发挥重要作用。根据PPI网络筛选出10个核心基因,主要与组蛋白乙酰化和转录调控相关。经组织验证,其中 RAB8A、TBP、TAF6表达变化趋势与芯片数据相一致。 结论:通过胎儿脑组织转录组学分析筛选出的核心基因及关键信号通路,有助于全面了解DS神经病变发生的分子机制,为探索DS神经发育异常和智力低下的临床诊断及治疗靶点提供了新的方向。
文献关键词:
唐氏综合征;胎儿脑组织;差异表达基因;生物信息学
中图分类号:
作者姓名:
张阳;秦炯;郁卫东;王新娟;穆青;侯雪钰;郭静竹
作者机构:
北京大学人民医院儿科,北京 100044;北京大学人民医院中心实验室,北京 100044
文献出处:
引用格式:
[1]张阳;秦炯;郁卫东;王新娟;穆青;侯雪钰;郭静竹-.基于生物信息学筛选唐氏综合征胎儿脑病变相关基因及信号通路)[J].中华实用儿科临床杂志,2022(20):1567-1572
A类:
GSE59630,胎儿脑组织,RAB8A,TAF6
B类:
唐氏综合征,脑病,变相,生物信息学分析,DS,神经病变,潜在作用,回顾性研究,基因表达数据库,下载数据,正常胎儿,差异表达基因,DEGs,基因本体,京都基因与基因组百科全书,基因集富集分析,GSEA,检索工具,Cytoscape,软件构建,蛋白互作,PPI,核心模块,核心基因,实时定量聚合酶链反应,周龄,神经退行性变,表达变化,功能富集分析,神经发生,神经元凋亡,转录调控,线粒体能量代谢,通路富集分析,神经退行性疾病,组蛋白乙酰化,TBP,相一致,转录组学分析,神经发育,发育异常,智力低下,诊断及治疗,治疗靶点
AB值:
0.245928
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