典型文献
支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
文献摘要：
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA)，并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756，筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析；参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF；通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因；在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析，筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队；利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs，并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队，最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络，进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因，KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用，GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个，负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络，从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
文献关键词：
支气管肺发育不良;微小核糖核酸;转录因子;信使核糖核酸;基因调控网络
中图分类号：
作者姓名：
胡诤贇;史建伟;张丽斐;姚倩倩;沈慧慧;朱连海
作者机构：
上海市松江区中心医院儿科，上海 201600;南京医科大学附属脑科医院神经外科，南京 210024;上海市松江区九亭医院儿科，上海 201600
文献出处：
引用格式：
[1]胡诤贇;史建伟;张丽斐;姚倩倩;沈慧慧;朱连海-.支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定)[J].国际呼吸杂志,2022(19):1474-1480
A类：
GSE108756,HumanTFDB,hTFtarget,GSE166762,EBF1,SPIB,Pou2AF1
B类：
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AB值：
0.223167
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