典型文献
新型冠状病毒肺炎患者差异表达先天免疫基因及其与24种免疫细胞丰度的关系
文献摘要：
目的 鉴别新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者外周血差异表达先天免疫基因并探讨其与24种免疫细胞丰度的关系.方法 从GEO数据库下载GSE161731表达谱数据集,采用GENCODE人类基因组GRCh38注释文件进行基因重注释,以校正后的P<0.05及|log2 FC|>2为阈值筛选COVID-19患者与健康对照人群间的差异表达基因(DEGs).采用InnateDB数据库中的人类先天免疫基因集鉴定差异表达先天免疫基因(DEIIGs)并采用Metascape平台进行GO和KEGG功能富集分析,使用ImmuCellAI平台预测24种免疫细胞丰度.结果 共筛选出88个DEGs,其中上调基因49个,下调基因39个,UCHL1、IFI27、PPARG、CCL2、IGF1、BIRC5、IGHG1是鉴别出的7个DEIIGs.GO分析富集于STAT受体信号通路、淋巴细胞活化的正向调控和细胞因子介导的信号通路;KEGG分析富集于癌症代谢途径.COVID-19患者外周血幼稚CD4+T细胞、辅助性T细胞1(Th1)和中枢记忆性T细胞(Tcm)丰度降低,而Ⅰ型调节性T细胞(Tr1)和天然调节性T细胞(nTreg)丰度高于健康对照人群(P<0.05).幼稚CD4+T细胞丰度与PPARG、IGHG1表达呈负相关,Tr1丰度与IGHG1表达呈正相关,nTreg丰度与BIRC5表达呈正相关,Th1与IFI27表达呈正相关.结论 幼稚CD4+T细胞、Tr1、nTreg和Th1丰度可能分别与PPARG、IGHG1、BIRC5和IFI27基因表达改变有关.
文献关键词：
严重急性呼吸综合征冠状病毒2;先天免疫基因;COVID-19
中图分类号：
作者姓名：
余耀华;张兵;张华
作者机构：
郑州大学附属郑州中心医院 呼吸与危重症医学科一病区,河南 郑州 450000;郑州大学附属郑州中心医院 泌尿外科,河南 郑州 450000
文献出处：
引用格式：
[1]余耀华;张兵;张华-.新型冠状病毒肺炎患者差异表达先天免疫基因及其与24种免疫细胞丰度的关系)[J].河南医学研究,2022(21):3841-3845
A类：
先天免疫基因,GSE161731,InnateDB,DEIIGs,ImmuCellAI,nTreg
B类：
肺炎患者,免疫细胞,GEO,下载,表达谱,谱数据,GENCODE,人类基因,GRCh38,释文,log2,FC,阈值筛选,照人,差异表达基因,DEGs,Metascape,功能富集分析,UCHL1,IFI27,PPARG,CCL2,IGF1,BIRC5,IGHG1,STAT,淋巴细胞活化,癌症代谢,代谢途径,幼稚,CD4+T,辅助性,Th1,记忆性,Tcm,调节性,Tr1,严重急性呼吸综合征冠状病毒
AB值：
0.254574
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