典型文献
基于全基因组SNP分子标记分析青海云杉遗传结构
文献摘要：
以张掖龙渠青海云杉(Picea crassifolia)无性系种子园中的106个青海云杉亲本无性系为研究材料,采用改良CTAB法,提取的青海云杉基因组DNA,构建SLAF文库并进行高通量测序,之后分析SLAF测序数据和筛选SNP位点,基于邻接法分析得到样品的聚类情况.研究得出:将测序的水稻日本晴reads与其参考基因组进行比对,显示本试验双端比对效率为95.33％,说明SLAF建库成功.本研究中所测序列的Q30较高,碱基测序错误率低,测序质量高;本研究共开发4058883个SLAF标签,标签的平均测序深度为21.21×.共开发12275765个青海云杉SNP标记,各青海云杉样本的SNP数量为1890934～4487841.利用已开发的高质量青海云杉SNP标记,构建了106个青海云杉的系统发育树,发现来自不同种源的青海云杉在各组中分布比较均匀,不同种源的青海云杉多聚为一类.通过SNP标记和主成分分析,这些无性系来源于同一个祖先的可能性较大,表明无性系间亲缘关系相近.为今后遗传多样性的分析、遗传图谱的构建等提供了基础数据,也为青海云杉初级种子园去劣疏伐提供依据,为高世代种子园的营建奠定基础.
文献关键词：
青海云杉;DNA提取;SLAF标签;遗传结构分析
中图分类号：
作者姓名：
张宏斌;吕东;赵明;赵祜;赵兴鹏;李伟
作者机构：
甘肃省祁连山水源涵养林研究院,张掖 734000;祁连山特有植物繁育及推广国家地方联合工程研究中心,张掖 734000;北京林业大学生物科学与技术学院,北京 100083
文献出处：
引用格式：
[1]张宏斌;吕东;赵明;赵祜;赵兴鹏;李伟-.基于全基因组SNP分子标记分析青海云杉遗传结构)[J].植物研究,2022(03):373-382
A类：
测序错误率
B类：
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AB值：
0.288626
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