典型文献
基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘
文献摘要：
[目的]基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息.[方法]以46份黑杨派无性系种质为材料,采用MseI+TaqaI双酶切基因组构建GBS文库并测序,使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上,Stacks软件开发SNP位点,SnpEff软件注释SNP位点,R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性.[结果]共获得108 Gb数据,每个样本平均数据量为2.35 Gb;样本测序总序列数为218156221条,总碱基为62832509890 bp,样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4742526条和1365924128 bp.Q30值为93.32％～94.44％,平均值为93.87％;GC含量为41.83％～44.96％,平均值为42.65％;碱基测序的平均错误率低于0.10％.这表明,GBS测序质量较高.序列比对至参考基因组的成功率为64.25％～73.53％,平均为69.89％;位点测序深度为12.40～24.70,平均值为18.40.过滤后共获得131194个SNP位点,主要位于基因上、下游和转录区,其中,C/T和A/G变异类型最多,转换类型明显高于颠倒类型.98.41％(129104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上,位点平均分布密度为1/3188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关.[结论]GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息,可用于大规模杨树SNP标记开发,为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础.
文献关键词：
杨树;基因组;测序基因分型;单核苷酸多态性位点
中图分类号：
作者姓名：
刘粉粉;姜小龙;翁文源;龚细娟;徐刚标
作者机构：
中南林业科技大学 林学院,湖南 长沙 410004;湖南省泰格林纸集团有限公司,湖南 岳阳 414000
文献出处：
引用格式：
[1]刘粉粉;姜小龙;翁文源;龚细娟;徐刚标-.基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘)[J].中南林业科技大学学报,2022(07):178-185
A类：
ddGBS,测序基因分型,MseI+TaqaI,Bowtie2,Stacks,SnpEff
B类：
黑杨派,杨树,双酶,Double,digest,genotyping,by,sequencing,特异性单核苷酸多态性,Single,nucleotide,polymorphism,位点信息,标记开发,指纹图谱,图谱构建,遗传多样性分析,重要经济性状,性状关联,无性系,组构,文库,序列数据,数据比对,毛果杨,参考基因,软件开发,语言分析,SNPs,体长,共获,Gb,平均数,数据量,总序,碱基,bp,Q30,错误率,序列比对,变异类型,颠倒,平均分,分布密度,树种,单核苷酸多态性位点
AB值：
0.292022
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