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猪DNA甲基转移酶基因家族进化分析
文献摘要：
[目的]探究猪DNA甲基转移酶(DNMT)基因家族的基因特性及表达模式.[方法]利用生物信息学方法鉴定猪全基因组范围的DNMT基因家族,并对其染色体定位、理化性质、蛋白质结构、亚细胞定位、基因结构、保守基序、系统进化关系、共线性关系和基因表达模式进行分析.[结果]共鉴定得到5个猪DNMT基因家族成员:PigDNMT1、PigDNMT2、PigDNMT3、PigDNMT4 和 PigDNMT5,分别位于 2、3、13、14、17 号染色体上.猪DNMT基因家族进化树分析发现,PigDNMT1和PigDNMT4、PigDNMT2和PigDNMT5的亲缘关系较近.PigDNMT2和PigDNMT5具有相同数量和排列顺序的保守基序,但在基因结构上差异较大.系统进化树结果揭示,猪、人、小鼠和牛的DNMT基因家族分为4个亚族,其中猪与牛的DNMT基因家族亲缘关系更近.基因共线性分析显示,猪与人、小鼠、牛之间都具有4对直系同源DNMT基因,表明4个物种的DNMT基因间存在较强的共线性关系.猪DNMT家族蛋白长度在228～1 706个氨基酸之间,分子质量在26 133.32～192 267.80 u之间,等电点在6.00～9.06之间.二级结构预测分析结果显示,猪DNMT蛋白主要由无规则卷曲组成.亚细胞定位分析发现,5个猪DNMT蛋白定位于细胞核.母猪性腺轴的转录组数据分析发现,PigDNMT1在下丘脑、垂体和卵巢组织中随着初情启动过程而展现出不同的表达模式.[结论]本研究在猪基因组上共鉴定出5个DNMT基因,并发现性腺轴组织中的PigDNMT1在初情启动过程中呈现出不同的表达模式,为解析猪DNMT基因家族功能提供一些参考.
文献关键词：
猪;DNA甲基转移酶(DNMT);系统进化;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
龚文滔;潘向春;蔡佳丽;王祎菲;李加琪;张哲;袁晓龙
作者机构：
华南农业大学动物科学学院,广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室,国家生猪种业工程技术研究中心,广州510642;岭南现代农业科学与技术广东省实验室茂名分中心,茂名525000
文献出处：
引用格式：
[1]龚文滔;潘向春;蔡佳丽;王祎菲;李加琪;张哲;袁晓龙-.猪DNA甲基转移酶基因家族进化分析)[J].中国畜牧兽医,2022(09):3283-3291
A类：
PigDNMT1,PigDNMT2,PigDNMT3,PigDNMT4,PigDNMT5
B类：
甲基转移酶,酶基因,基因家族,家族进化分析,基因特性,利用生物,生物信息学方法,全基因组,染色体定位,蛋白质结构,亚细胞定位,基因结构,保守基序,进化关系,基因表达模式,进化树分析,亲缘关系,排列顺序,系统进化树,和牛,中猪,族亲,共线性分析,直系,分子质量,等电点,二级结构,结构预测,预测分析,无规则,卷曲,定位分析,蛋白定位,细胞核,母猪,性腺轴,转录组数据,下丘脑,垂体,卵巢组织,启动过程,表达分析
AB值：
0.239142
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