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灰皮支黑豆GmPUB24基因的生物信息学与胞囊线虫诱导表达分析
文献摘要：
为明确大豆U-box型E3泛素连接酶介导植物抗病性的机理,以抗胞囊线虫品种灰皮支黑豆为材料,利用RT-PCR技术克隆GmPUB24基因的蛋白质编码区序列(coding sequence,CDS),对该基因进行生物信息学分析,并接种大豆胞囊线虫,进行诱导表达分析.结果表明,GmPUB24基因CDS总长1254 bp,编码417个氨基酸,分子量为46.78 ku.蛋白质二级结构分析显示,GmPUB24编码的蛋白质含有α螺旋、无规则卷曲、延伸链、β折叠,α螺旋占比最高为58.9％,为亲水蛋白质且无跨膜结构域,无信号肽;蛋白质系统进化树表明,其与野生大豆亲缘性最高,亚细胞定位显示其定位于细胞质中.GmPUB24基因上游1500 bp启动子区含有CGTCA-motif、TGACG-motif等响应抗病通路的作用元件,以及ABRE、WUN-motif、TATA-box等响应非生物胁迫的作用元件.实时荧光定量PCR(qRT-RCR)结果显示,GmPUB24在接种大豆胞囊线虫1～3 d持续上调表达,接种3 d时根部表达量为未接种线虫样本的6.14倍,表明GmPUB24基因可被大豆胞囊线虫诱导表达,可能参与大豆抵御胞囊线虫的过程.研究结果为阐明大豆U-box家族基因在抗大豆胞囊线虫病中的调控机制奠定了基础.
文献关键词：
大豆;克隆;启动子;生物信息学;表达
中图分类号：
作者姓名：
李文辰;刘鑫;齐泽铮;于璐;王芳
作者机构：
齐齐哈尔大学 生命科学与农林学院,抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江省重点实验室,黑龙江 齐齐哈尔161006
文献出处：
引用格式：
[1]李文辰;刘鑫;齐泽铮;于璐;王芳-.灰皮支黑豆GmPUB24基因的生物信息学与胞囊线虫诱导表达分析)[J].浙江农业学报,2022(06):1124-1132
A类：
GmPUB24,WUN
B类：
灰皮,黑豆,诱导表达,表达分析,box,E3,泛素连接酶,植物抗病,抗病性,编码区,coding,sequence,CDS,生物信息学分析,总长,bp,分子量,ku,蛋白质二级结构,无规则,卷曲,折叠,亲水蛋白质,跨膜结构域,信号肽,系统进化树,野生大豆,亲缘性,亚细胞定位,细胞质,启动子区,CGTCA,motif,TGACG,ABRE,TATA,非生物胁迫,qRT,RCR,根部,未接,明大,家族基因,抗大,大豆胞囊线虫病,调控机制
AB值：
0.286947
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