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山苍子WRKY基因家族鉴定及表达分析
文献摘要：
山苍子(Litsea cubeba)是我国南方地区重要的木本香料树种之一,在生长过程中极易遭受生物和非生物胁迫影响.WRKY转录因子在植物生长发育、胁迫应答等过程中发挥着重要作用.本研究基于生物信息学分析,鉴定出41个LcWRKY家族基因,利用转录组数据和qPCR验证,分析并探讨其在不同组织中的表达特异性.系统进化发育显示,LcWRKY家族成员分为2个类群,其中第2个类群包含5个亚类Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e.对LcWRKY基因的保守基序和结构域进行分析,结果证实了系统发育聚类分析的准确性.蛋白互作网络共表达分析表明,LcWRKY36、LcWRKY38和LcWRKY39等处于共线中心,推测其在山苍子响应病害、低磷胁迫等调控过程中起着关键作用.不同组织的转录组分析发现,41个LcWRKY成员在不同组织中差异表达,其中LcWRKY1、LcWRKY3、LcWRKY8等10个基因在根中呈现明显的高表达,LcWRKY8在根中的表达量是叶中的25倍(P<0.01),推测其在根系发育和逆境胁迫中发挥重要作用.此外,LcWRKY29、LcWRKY10、LcWRKY15、LcWRKY22和LcWRKY1等基因在果实中的相对表达量较高,推测其可能参与山苍子果实柠檬醛等次生代谢产物的生物合成.本研究为进一步解析山苍子WRKY转录因子的功能提供基础资料.
文献关键词：
山苍子;WRKY基因家族;生物信息学分析;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
苏文娟;陈霞;曹瑞兰;陈尚钘;刘洲莹;刘娟
作者机构：
江西农业大学林学院/江西省森林培育重点实验室,南昌330045
文献出处：
引用格式：
[1]苏文娟;陈霞;曹瑞兰;陈尚钘;刘洲莹;刘娟-.山苍子WRKY基因家族鉴定及表达分析)[J].农业生物技术学报,2022(07):1290-1302
A类：
LcWRKY,LcWRKY36,LcWRKY38,LcWRKY39,LcWRKY1,LcWRKY3,LcWRKY8,LcWRKY29,LcWRKY10,LcWRKY15,LcWRKY22
B类：
基因家族鉴定,表达分析,Litsea,cubeba,南方地区,木本,香料,树种,生长过程,受生,非生物胁迫,植物生长发育,胁迫应答,生物信息学分析,家族基因,转录组数据,qPCR,不同组织,达特,系统进化,类群,亚类,保守基序,结构域,系统发育,蛋白互作网络,共表达,共线,低磷胁迫,转录组分析,差异表达,根系发育,逆境胁迫,相对表达量,山苍子果,柠檬醛,次生代谢产物,生物合成,基础资料
AB值：
0.265906
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