典型文献
山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位
文献摘要：
[目的]对山羊干扰素刺激基因15(interferon-stimulated gene 15,ISG15)的CDS区进行克隆、表达和生物信息学分析,并探讨小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)感染山羊子宫内膜上皮细胞(caprine endometrial epithelial cells,EEC)对ISG15的影响.[方法]根据GenBank中公布的山羊ISG15基因预测序列(登录号:XM_005690795)设计特异性引物,利用RT-PCR方法扩增山羊ISG15基因CDS区,连接至真核表达载体进行测序并表达,对不同物种ISG15核苷酸及氨基酸序列进行比对,并构建系统进化树,利用生物信息学方法对ISG15蛋白理化性质、跨膜结构、修饰位点、二级结构、三级结构、亚细胞定位等进行分析.通过构建真核表达载体转染及PPRV感染EEC细胞,利用间接免疫荧光的方法观察其外源性和内源性亚细胞定位,并探究PPRV感染对EEC细胞的影响.[结果]成功克隆出山羊ISG15基因CDS区并进行了真核表达.山羊ISG15核苷酸和氨基酸相似性及进化树分析都与盘羊和绵羊亲缘关系最近.生物信息学分析结果显示,山羊ISG15基因位于16号染色体上,全长474 bp,编码157个氨基酸,分子质量约为17.47 ku,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,有1个潜在的N-糖基化位点,16个潜在的O-糖基化位点和10个潜在的磷酸化位点.二级结构与三级结构预测显示,山羊ISG15蛋白由无规则卷曲、延伸链、α-螺旋和β-转角组成,比例分别为34.39％、31.21％、21.66％和12.74％.可以与干扰素和泛素化相关的蛋白相互作用,并参与机体的抗感染作用.亚细胞定位显示,外源性和内源性ISG15均定位于细胞质中.[结论]试验成功克隆出山羊ISG15基因CDS区序列,亚细胞定位发现内源性和外源性ISG15均定位于EEC细胞的细胞质中.结果为后续ISG15基因细胞内功能研究奠定基础.
文献关键词：
山羊;ISG15基因;克隆;表达;生物信息学分析;亚细胞定位
中图分类号：
作者姓名：
唐井玉;杜汉宇;孟春春;刘光清
作者机构：
中国农业科学院上海兽医研究,上海200241;新疆农业大学,乌鲁木齐830052
文献出处：
引用格式：
[1]唐井玉;杜汉宇;孟春春;刘光清-.山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位)[J].中国畜牧兽医,2022(08):2843-2854
A类：
Peste,petits,山羊子宫内膜上皮细胞,caprine
B类：
干扰素刺激基因,生物信息学分析,亚细胞定位,interferon,stimulated,gene,ISG15,CDS,小反刍兽疫病毒,des,ruminants,virus,PPRV,endometrial,epithelial,cells,EEC,GenBank,预测序列,登录号,XM,特异性引物,至真,真核表达载体,氨基酸序列,建系,系统进化树,利用生物,生物信息学方法,膜结构,修饰位点,二级结构,三级结构,转染,间接免疫荧光,其外,外源性,内源性,出山,进化树分析,盘羊,绵羊,亲缘关系,全长,bp,分子质量,ku,亲水性,信号肽,糖基化位点,磷酸化,结构预测,无规则,卷曲,泛素化,蛋白相互作用,抗感染,细胞质,内功,功能研究
AB值：
0.272073
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