旨在分析四川省7个地方猪种类群和山东省徒河黑猪重要经济性状关联SNP位点基因型分布及群体间遗传结构.本研究采用中芯一号芯片对23头成华猪、26头雅南猪、60头青峪猪、57头内江猪、151头丫杈猪、57头乌金猪(凉山类群)、51头平原藏猪、109头高原藏猪和28头徒河黑猪共562头健康种猪进行了单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,利用Plink软件对获得的基因型数据进行质控,结合R等软件,统计分析猪7个重要经济性状的基因型;采用Mega X软件进行聚类分析,使用Plink软件进行主成分(PCA)分析,通过VCFtools软件计算猪群间的群体遗传分化指数(Fst),分析群体间遗传关系远近.结果显示,四川省地方猪群体中,采食量、酸肉和应激性状的非优势基因型比例均在2.20％以下;抗仔猪腹泻、料重比(FCR)、公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例分别为8.99％、11.80％、73.97％和95.32％;徒河黑猪群体中,应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,均为3.57％;公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高,分别为39.29％、50.00％、82.14％和92.86％;聚类和主成分分析显示,徒河黑猪与四川地方猪种间遗传距离远,丫杈猪、乌金猪、内江猪和藏猪(平原和高原)各自聚为一类,品种间群体分层结构明显,雅南猪、成华猪、青峪猪聚为一类;Fst指数计算结果表明,同属于湖川山地猪的丫杈猪和青峪猪间存在高度遗传分化.结果提示,四川省地方猪群体的采食量、酸肉、应激、抗仔猪腹泻和料重比性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例较高;徒河黑猪群体的应激性状已无q等位基因,采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低,公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高;群体遗传结构研究结果表明,丫杈猪与青峪猪都归类于湖川山地猪有待商榷.

四川地方猪;徒河黑猪;单核苷酸多态性

陶璇;何志平;梁艳;杨雪梅;雷云峰;王言;胡紫惠;廖坤;肖贤勋;格桑;马贵云;吉绒丹增;敖翔;吕学斌;顾以韧

四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室,成都610066;通江县农业局,巴中636700;稻城县农牧农村和科技局,甘孜627750;乡城县农牧农村和科技局,甘孜627850;荣县农牧农村和科技局,甘孜627950;四川铁骑力士集团冯光德实验室,绵阳621006

畜牧兽医学报

[1]陶璇;何志平;梁艳;杨雪梅;雷云峰;王言;胡紫惠;廖坤;肖贤勋;格桑;马贵云;吉绒丹增;敖翔;吕学斌;顾以韧-.不同地方猪重要经济性状关联位点SNP芯片分型及群体遗传结构研究)[J].畜牧兽医学报,2022(10):3358-3367

徒河黑猪,Plink,VCFtools,四川地方猪

重要经济性状,性状关联,SNP,群体遗传结构,结构研究,地方猪种,类群,位点基因型,基因型分布,群体间,内江,江猪,丫杈,乌金,凉山,藏猪,种猪,单核苷酸多态性,single,nucleotide,polymorphism,质控,Mega,软件计算,猪群,遗传分化,Fst,遗传关系,远近,省地,采食量,酸肉,应激性,仔猪腹泻,料重比,FCR,公猪,猪精液,精液品质,等位基因,种间,遗传距离,距离远,自聚,分层结构,指数计算,同属,商榷

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