典型文献
大型迪庆藏猪不同生长阶段肌内脂肪沉积差异表达基因及其调控通路分析
文献摘要：
[目的]筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段肌内脂肪含量差异的关键基因并分析其调控途径.[方法]选择胎次相同、出生日期及体重相近的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组,在相同条件下进行育肥试验,分别在体重达40、80及120 kg左右时屠宰,每组采集3头猪的背最长肌,采用RNA-Seq技术进行转录组测序,测序数据进行拼接、比对和注释,筛选与脂肪沉积相关的差异显著基因进行功能富集、STEM分析,构建基因互作网络,并进行实时荧光定量PCR验证.[结果]40kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg与40 kg vs 120 kg阶段分别检测到730、981及735个基因差异显著表达;STEM分析共有4个差异显著模块,模块11、14的基因集先显著上调后轻微下调;模块9、10的基因集先显著上调后显著下调.差异基因互作网络显示,40 kg vs 80 kg阶段,EGR1、EGR2、PRKAG2、NOR-1和ATF3基因位于网络核心,EGR1和EGR2基因表达下调,PRKAG2、NOR-1和ATF3基因表达上调;80 kg vs 120 kg 阶段,FOX01、PDK4、PPARD、PPARGC-1、LIPE、ATF3 和 STAT1 基因位于网络核心,FOX01、PPARD、PPARGC-1基因表达下调,PPA RG基因通过级联调控引起STA T1基因表达下调,LIPE和ATF3基因表达上调;40 kg vs 120 kg阶段,A TF3、NOR-1、EGR1、EGR2和STA T1基因位于网络核心,EGR1、EGR2和STA T1基因表达下调,A TF3和NOR-1基因表达上调.A TF3、FOX01等10个基因的实时荧光定量PCR验证结果与转录组测序结果一致.[结论]EGR1、FOXO1等基因作为核心基因参与大型迪庆藏猪肌内脂肪调控,不同生长阶段参与调控的核心基因并不完全相同,结果可丰富中国地方猪肌内脂肪调控基础数据,为大型迪庆藏猪肌内脂肪含量的遗传改良提供参考.
文献关键词：
大型迪庆藏猪;RNA-Seq;肌内脂肪沉积;差异表达基因;调控途径
中图分类号：
作者姓名：
聂靖茹;马黎;严达伟;邓俊;张浩;张博;刘金桥;董新星
作者机构：
云南农业大学动物科学技术学院,昆明650201;中国农业大学动物科学技术学院,北京100193;云南农业职业技术学院畜牧兽医学院,昆明650212;云南省畜牧总站,昆明650224
文献出处：
引用格式：
[1]聂靖茹;马黎;严达伟;邓俊;张浩;张博;刘金桥;董新星-.大型迪庆藏猪不同生长阶段肌内脂肪沉积差异表达基因及其调控通路分析)[J].中国畜牧兽医,2022(08):2855-2868
A类：
大型迪庆藏猪,PRKAG2,FOX01,PPARGC
B类：
生长阶段,肌内脂肪沉积,差异表达基因,调控通路,通路分析,肌内脂肪含量,含量差异,关键基因,调控途径,胎次,次相,出生日期,育肥,屠宰,背最长肌,Seq,转录组测序,序数,拼接,沉积相,功能富集,STEM,基因互作,互作网络,40kg,差异基因,EGR1,EGR2,NOR,ATF3,PDK4,PPARD,LIPE,STAT1,联调,FOXO1,核心基因,完全相同,地方猪,遗传改良
AB值：
0.214682
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