典型文献
甜菜NBS-LRR家族基因的鉴定与分析
文献摘要：
为明确甜菜中由抗性基因R编码的包含富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,LRR)和核苷酸结合位点(nucleotide-binding site,NBS)的家族成员及其功能,基于甜菜基因组全长序列,利用HMMER、TBtools、Pfam、NCBI等软件和在线程序对甜菜NBS-LRR家族成员进行筛选和鉴定,采用生物信息学方法对鉴定到的成员进行亚家族分类、染色体定位、结构域分析、进化树构建、顺式元件分析和同源序列筛选.结果显示,从甜菜基因组中最终筛选鉴定到267条NBS-LRR家族基因序列,占甜菜基因组的0.614％,通过对267条基因序列进行结构域预测并进行分类,分属于N型、NL型、CNL型、TNL型和RNL型5个亚家族,分别包含110、25、128、3和1条序列.甜菜NBS-LRR家族基因大多位于2号、3号、4号和7号染色体上,根据基因簇划分原则发现有73.25％的基因以基因簇形式存在.经ClustalOmega和MEME在线程序对CNL型亚家族中具有完整卷曲螺旋(coiled-coil,CC)、NBS和LRR结构域的24条基因序列进行结构域保守性分析,共发现7个保守性较高的基序,基于CNL型亚家族128条基因序列构建的进化树显示CNL型亚家族的系统进化受CC、NBS和LRR结构域的影响较大.甜菜NBS-LRR家族基因含有大量植物激素相关顺式元件和多种胁迫响应元件,部分序列含有植物生理响应元件.甜菜NBS-LRR家族基因与菠菜和藜麦的抗病蛋白同源性较高.
文献关键词：
甜菜;NBS-LRR;抗性基因R;家族基因;亚家族;结构域;同源基因
中图分类号：
作者姓名：
宫云鹤;赵春雷;王希;李彦丽;丁广洲;陈丽
作者机构：
黑龙江大学现代农业与生态环境学院,哈尔滨150080;黑龙江省甜菜工程技术研究中心,哈尔滨150080;国家糖料改良中心,哈尔滨150080;黑龙江大学,黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室,哈尔滨150080
文献出处：
引用格式：
[1]宫云鹤;赵春雷;王希;李彦丽;丁广洲;陈丽-.甜菜NBS-LRR家族基因的鉴定与分析)[J].植物保护学报,2022(06):1642-1653
A类：
ClustalOmega
B类：
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AB值：
0.376628
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