典型文献
马铃薯bHLH转录因子家族全基因组鉴定与表达分析
文献摘要：
对马铃薯bHLH转录因子进行全基因组鉴定与表达模式分析,为其生物学功能研究提供借鉴.基于马铃薯基因组数据库和Pfam数据库,运用HMMER对马铃薯bHLH家族成员进行全基因组鉴定,剔除冗余序列后,利用ExPASy和MEME软件对候选序列进行基本理化性质及保守元件分析,并使用MEGA-X软件进行聚类分析;用MG2C和TBtools软件分别绘制染色体定位图和表达模式图.结果表明,从马铃薯基因组数据库中共检索出108个bHLH转录因子,其氨基酸数目为62-694个,分子量为7527.78-75939.94 Da,理论等电点为4.55-10.40.这些bHLH转录因子分布在马铃薯的12条染色体上,均具有典型的HLH结构域,可划分为16个亚族.基因表达模式分析表明,马铃薯bHLH家族成员具有组织表达特异性,多数响应盐、甘露醇、生长素、脱落酸、赤霉素及热等胁迫.马铃薯全基因组包括108个高度保守的bHLH基因家族成员,其表达具有组织特异性,并且响应非生物胁迫的诱导.
文献关键词：
马铃薯;bHLH转录因子;全基因组鉴定;胁迫;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
冯建英;李立芹;鲁黎明
作者机构：
四川农业大学农学院,成都 611130
文献出处：
引用格式：
[1]冯建英;李立芹;鲁黎明-.马铃薯bHLH转录因子家族全基因组鉴定与表达分析)[J].生物技术通报,2022(02):21-33
A类：
MG2C
B类：
bHLH,全基因组鉴定,表达分析,表达模式分析,生物学功能,功能研究,马铃薯基因组,基因组数据,Pfam,HMMER,ExPASy,MEME,基本理化性质,MEGA,TBtools,染色体定位,位图,模式图,分子量,Da,等电点,结构域,基因表达模式,有组织,组织表达,达特,数响,甘露醇,生长素,脱落酸,赤霉素,基因家族,组织特异性,非生物胁迫
AB值：
0.30782
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