典型文献
大连市一起由境外输入引起的本土新冠肺炎关联病例的病毒基因组特征分析
文献摘要：
目的 了解引起大连市本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)流行株的基因组特征和变异情况,追溯SARS-CoV-2来源.方法 选取2022年8月20日-9月14日97例由境外输入引起的COVID-19关联病例的样本.采用SARS-CoV-2全基因组靶向扩增结合高通量测序技术(Ion Tor-rent 测序平台)进行全基因组测序.分析SARS-CoV-2的基因组特征、核苷酸和氨基酸突变位点和基因分型.构建进化树,结合病例的流行病学资料,溯源SARS-CoV-2流行株.结果 共获得97例SARS-CoV-2全基因组序列,基因组全长29 735～29 741 bp,平均测序深度1 457x～50485x,测序覆盖率范围95.9％～100.0％.同NCBI数据库中的SARS-CoV-2参考基因组(NC_045512)序列相比,97例SARS-CoV-2全基因组序列共享75个核苷酸突变位点,22例在此基础上新增1～3个突变位点.75个共享突变位点类型包括:4个非编码区和7个基因编码区,其中基因编码区的70个突变位点,来自基因ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF8、N.共享的氨基酸突变类型包括15个同义突变和51个非同义突变.97例SARS-CoV-2全基因组序列,Pan-golin分型为BA.5.2.1.21(BF.21进化分支)型,Nextstrain分型为22B型,GISAID分型为GRA型.经与大连SARS-CoV-2基因库的序列比对,与8月9日境外输入的编号20220809-1和20220809-2病例共享75个核苷酸突变位点,高度同源.进化分析结果显示,此次SARS-CoV-2流行株与同时期日本大阪SARS-CoV-2流行株共同处于BF.21进化分支上,与病例20220809-1和20220809-2流行病学调查中的来源国日本一致.结论 此次SARS-CoV-2流行株属于Omicron变异株(BF.21进化分支),来源于日本.
文献关键词：
新型冠状病毒;高通量测序;全基因组
中图分类号：
作者姓名：
郎兴莹;王越;栾明春;王欢;滕雪;刘颖丽;薄志坚
作者机构：
大连市疾病预防控制中心微生物检验科,辽宁大连116035
文献出处：
引用格式：
[1]郎兴莹;王越;栾明春;王欢;滕雪;刘颖丽;薄志坚-.大连市一起由境外输入引起的本土新冠肺炎关联病例的病毒基因组特征分析)[J].中国微生态学杂志,2022(12):1388-1393
A类：
457x,50485x,golin,Nextstrain
B类：
大连市,境外输入,病毒基因组,基因组特征,SARS,CoV,变异情况,高通量测序技术,Ion,Tor,rent,测序平台,全基因组测序,氨基酸突变,突变位点,基因分型,进化树,合病,共获,全基因组序列,基因组全长,bp,NCBI,参考基因,核苷酸突变,点类型,非编码区,基因编码,ORF1ab,ORF3a,ORF8,同义突变,非同,Pan,BA,BF,进化分支,22B,GISAID,GRA,基因库,序列比对,编号,进化分析,期日,大阪,流行病学调查,调查中,来源国,Omicron,变异株
AB值：
0.279813
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