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基于三代测序技术对中药灵芝和食用菌rRNA基因及其基因间序列的鉴定研究
文献摘要：
目的:基于三代PacBio测序技术,建立中药灵芝和食用菌rRNA 18S-ITS-28S全长序列文库,从分子水平快速、准确鉴定和研究品种.方法:对收集到的8种食用菌和1种中药材真菌灵芝抽提基因组DNA,设计引物扩增18S-ITS-28S全长序列,18S-ITS-28S全长序列包括连续且完整的18S rRNA-ITS1-5.8S rRNA-ITS2和28S rRNA部分序列,其总长度＞3.3 kb.将18S-ITS-28S全长序列进行建库和三代PacBio测序.结果:食用菌和药用灵芝的18S rRNA、5.8S rRNA及部分28S rRNA基因序列相似度高且序列保守,而rRNA基因间(ITS1和ITS2)的序列差异性大.结论:本研究的结果提示,分析rRNA基因间(ITSs)区域,而不是仅仅分析rRNA基因,有助于真菌类中药材的鉴定和研究.
文献关键词：
灵芝;食用菌;rRNA基因;测序分析;鉴定
中图分类号：
作者姓名：
张韦唯;袁育红;戈雅倩;朱彦蓉;赵解南;孙建鹤;黄林佳;胡泽华;许嘉豪;郭琳婷;高宇峰;张益辉;王燕萍;黄钢;王毅兴;戴方平
作者机构：
江苏中方基因生物医学科技有限公司 江苏 南通 226126;江西中医药大学 江西 南昌 330004;长三角药学高等工程学院 江苏 南通 226126;南通大学附属海门医院 江苏 南通 226121;安徽中医药大学 安徽 合肥 230012;上海健康医学院 上海 200237;同济大学附属东方医院 上海 200120
文献出处：
引用格式：
[1]张韦唯;袁育红;戈雅倩;朱彦蓉;赵解南;孙建鹤;黄林佳;胡泽华;许嘉豪;郭琳婷;高宇峰;张益辉;王燕萍;黄钢;王毅兴;戴方平-.基于三代测序技术对中药灵芝和食用菌rRNA基因及其基因间序列的鉴定研究)[J].上海中医药大学学报,2022(06):5-12
A类：
ITSs
B类：
三代测序技术,灵芝,食用菌,rRNA,鉴定研究,PacBio,18S,28S,全长,文库,分子水平,平快,中药材,抽提,引物,ITS1,ITS2,总长度,kb,建库,基因序列,序列差异,真菌类,测序分析
AB值：
0.263008
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