典型文献
利用生物信息学分析筛选并验证结肠直肠癌的差异表达基因
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法分析数据库NCBI-GEO中关于结直肠癌(CRC)的队列数据集,以阐明CRC中潜在的关键候选基因.方法:从NCBI-GEO下载获得数据GSE44076、GSE28000和GSE75970的CRC和癌旁组织基因表达谱.筛选差异表达基因(DEGs)并分析候选基因和途径富集.利用在线数据库STRING进行DEGs编码的相关蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析.通过qPCR验证5名CRC患者癌旁组织和癌组织样本中关键基因的表达.结果:从3个数据集中筛选出98个差异基因(65个上调和33个下调).根据功能和信号通路对DEG进行聚类,并进行显著的富集分析,结果表明大多数DEGs在单个生物体、结合、细胞组分和有丝分裂细胞周期中富集.通过PPI网络的整合,筛选4个关键基因CXCL1、BUB1、CCL19、CDK1.与癌旁组织相比,CRC癌组织中CXCL1,BUB1和CDK1的表达升高,CCL19表达降低,差异均有统计学意义(均P<0.05).结论:CXCL1、BUB1、CCL19、CDK1在CRC组织中异常表达.
文献关键词：
差异表达基因;结直肠癌;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
蒋崚;覃芳;郑军
作者机构：
三峡大学 第一临床医学院[宜昌市中心人民医院]普外科,湖北 宜昌 443003
文献出处：
引用格式：
[1]蒋崚;覃芳;郑军-.利用生物信息学分析筛选并验证结肠直肠癌的差异表达基因)[J].巴楚医学,2022(04):78-82
A类：
GSE28000,GSE75970
B类：
利用生物,生物信息学分析,结肠直肠癌,差异表达基因,生物信息学方法,NCBI,GEO,结直肠癌,CRC,候选基因,下载,得数,GSE44076,癌旁组织,基因表达谱,DEGs,STRING,蛋白质相互作用网络,PPI,qPCR,癌组织,关键基因,差异基因,富集分析,明大,生物体,有丝分裂,分裂细胞,细胞周期,中富,CXCL1,BUB1,CCL19,CDK1,异常表达
AB值：
0.299929
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