典型文献
中枢神经系统性原始神经外胚层瘤基因表达谱芯片的生物信息学分析
文献摘要：
目的 利用生物信息学方法对中枢神经系统性原始神经外胚层瘤(central nervous system primitive neuroectodermal tumors,CNS-PNETs)基因表达谱芯片进行分析,从分子水平探讨CNS-PNETs可能的发病机制.方法 从GEO数据库下载CNS-PNETs的基因表达谱芯片数据集GSE35493和GSE74195,利用GEO2R在线分析工具以及Venn软件筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用DAVID数据库在线分析工具对DEGs进行基因本体论(Gene ontology,GO)和通路富集(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,通过STRING在线分析工具、Cytoscape软件及其插件cytoHubba对CNS-PNETs的DEGs进行蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,寻找关键基因.结果 本研究共获得262个DEGs,包括49个上调基因和213个下调基因.GO功能和KEGG信号通路富集分析结果显示,DEGs涉及了DNA转录和有丝分裂核分裂、细胞分裂、运动行为、学习记忆和突触信号传递等生物过程,参与了细胞周期、肿瘤相关通路及p53信号通路、突触相关信号通路、cAMP信号通路及钙离子信号通路等.通过STRING分析筛选出10个关键基因:CDK1,CDC20,MAD2L1,KIF11,ASPM,TOP2A,TTK,NDC80,NUSAP1,DLGAP5.结论 包括CDK1在内的10个关键基因可能在CNS-PNETs发生发展中起重要作用.本研究为探索CNS-PNETs的发病机制提供新的线索.
文献关键词：
原始神经外胚层瘤;中枢神经系统;基因芯片;差异表达基因;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
赵文慧;徐冬祥;钟雷;冯万文
作者机构：
徐州医科大学附属连云港市立东方医院检验科,江苏连云港 222042;徐州医科大学附属连云港市立东方医院临床研究中心,江苏连云港 222042
文献出处：
引用格式：
[1]赵文慧;徐冬祥;钟雷;冯万文-.中枢神经系统性原始神经外胚层瘤基因表达谱芯片的生物信息学分析)[J].西安交通大学学报（医学版）,2022(02):220-227
A类：
原始神经外胚层瘤,GSE35493,GSE74195
B类：
中枢神经系统,基因表达谱芯片,生物信息学分析,利用生物,生物信息学方法,central,nervous,system,primitive,neuroectodermal,tumors,CNS,PNETs,分子水平,下载,GEO2R,在线分析工具,Venn,出差,差异表达基因,differentially,expressed,genes,DEGs,DAVID,基因本体论,ontology,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,STRING,Cytoscape,插件,cytoHubba,蛋白相互作用,protein,interaction,PPI,关键基因,共获,信号通路富集,通路富集分析,有丝分裂,核分裂,细胞分裂,运动行为,学习记忆,突触,信号传递,生物过程,细胞周期,肿瘤相关,相关通路,p53,cAMP,钙离子信号通路,CDK1,CDC20,MAD2L1,KIF11,ASPM,TOP2A,TTK,NDC80,NUSAP1,DLGAP5,基因芯片
AB值：
0.376209
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
