典型文献
刺参响应灿烂弧菌侵染的基因组DNA甲基化水平和转录组差异及其关联分析
文献摘要：
为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因.同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据.结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)％和(3.87±0.27)％,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06％和81.91％,mCpG为最主要的甲基化形式.本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs)626 677个,注释到23 706个功能基因.转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个.在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个.对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD 等关键基因.本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考.
文献关键词：
刺参;DNA甲基化;转录组;关联分析
中图分类号：
作者姓名：
李欣容;廖梅杰;李彬;荣小军;畅孟阳;王印庚;于永翔;张正;范瑞用;刘清兵
作者机构：
上海海洋大学水产与生命学院 上海 201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 山东 青岛 266071;青岛瑞滋集团有限公司 山东 青岛 266408
文献出处：
引用格式：
[1]李欣容;廖梅杰;李彬;荣小军;畅孟阳;王印庚;于永翔;张正;范瑞用;刘清兵-.刺参响应灿烂弧菌侵染的基因组DNA甲基化水平和转录组差异及其关联分析)[J].渔业科学进展,2022(03):176-185
A类：
splendidus,mCpG,hsp20
B类：
刺参,灿烂,弧菌,侵染,甲基化水平,胁迫,Apostichopus,japonicus,攻毒,体壁,全基因组甲基化,甲基化测序,WGBS,差异表达基因,联合分析,关联基因,Vibrio,分子机理,点中,出差,DMRs,功能基因,转录组测序,启动子区域,富集分析,相关通路,LRR,CARD,关键基因,表观遗传调控,调控机制,抗病性状,选育
AB值：
0.237873
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