典型文献
原发性抗磷脂综合征患者中性粒细胞关键基因的生物信息学分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学方法筛选原发性抗磷脂综合征(antiphospholipid syndrome,APS)患者中性粒细胞中的关键差异基因,并鉴定其参与的生物功能和信号通路.方法 在GEO数据库中下载APS患者中性粒细胞的RNA测序数据,使用R语言中的limma包筛选差异表达基因,通过clusterProfiler包分别对上调和下调基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析.最后,通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,使用Cytoscape软件计算网络中的核心基因.结果 共筛选得到512个上调基因,473个下调基因,上调基因主要参与的功能和通路包括固有免疫反应调节、中性粒细胞激活、炎症复合体形成等,下调基因主要参与的功能和通路包括T细胞激活、淋巴细胞分化、淋巴细胞激活等.IFIT1、IFI35、IFI3、CCL2、TLR8、FCGR1A是核心的上调基因.MYC、CD8A、FYN、CD28、LCK、GNB2L1是核心的下调基因.结论 通过生物信息学方法分析出的核心基因可能是APS患者中性粒细胞发挥免疫效应的关键靶点.
文献关键词：
抗磷脂综合征;中性粒细胞;hub基因;免疫效应
中图分类号：
作者姓名：
林梅英;甘东辉;高颖;王正杰;陈志敏
作者机构：
莆田学院附属医院, 福建 莆田351100
文献出处：
引用格式：
[1]林梅英;甘东辉;高颖;王正杰;陈志敏-.原发性抗磷脂综合征患者中性粒细胞关键基因的生物信息学分析)[J].医学研究与教育,2022(01):8-14
A类：
IFI3
B类：
原发性抗磷脂综合征,关键基因,生物信息学分析,生物信息学方法,antiphospholipid,syndrome,APS,关键差异基因,生物功能,GEO,下载,序数,言中,limma,差异表达基因,clusterProfiler,基因本体论,ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,genomes,富集分析,STRING,数据库构建,蛋白互作网络,Cytoscape,软件计算,计算网络,核心基因,选得,固有免疫反应,细胞激活,复合体,细胞分化,IFIT1,IFI35,CCL2,TLR8,FCGR1A,MYC,CD8A,FYN,CD28,LCK,GNB2L1,免疫效应,关键靶点,hub
AB值：
0.417512
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
