典型文献
基于加权基因共表达网络分析非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因
文献摘要：
目的:挖掘非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因,为研究非动脉炎性前部缺血性视神经病变的发病机制提供生物信息学支持.方法:从GEO数据库中下载大鼠GSE43671芯片数据集,使用R语言WGCNA包对基因进行分析并筛选出与临床表型相关度高的模块基因,使用ClusterProfiler包对特异性模块进行基因本体论分析(GO)及京都基因与基因组百科全书分析(KEGG),用Cytoscape软件筛选模块内关键基因并构建关键基因-miRNA互作网络.结果:采用WGCNA方法从GSE43671数据集中识别出22个模块,其中蓝色模块相关性系数最高.GO富集分析结果显示,模块内基因主要表现在上皮管形态发生等生物过程上,受体复合体等细胞成分上,眼晶状体结构组成等分子功能上.KEGG结果显示,模块内基因主要与神经活性配体-受体互作信号通路、人乳头瘤病毒信号通路、MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路等信号通路有关.通过PPI网络和Cytoscape软件筛选得到的排名前10的关键基因为Psmb9、Psma7、Map3k14、Psme1、Nfkb1、Rela、Psma5、Relb、Psmb4、Nfkb2;预测得到6个miRNA为miR-383-5p、miR-9a-5p、miR-155-5p、miR-223-3p、miR-495、miR-325-3p.结论:使用WGCNA方法筛选出非动脉炎性前部缺血性视神经病变的相关通路、关键基因和微小RNA,为其发病机制和治疗方法的探索提供理论依据,但该结论尚待动物实验和细胞实验加以验证.
文献关键词：
非动脉炎性前部缺血性视神经病变;加权基因共表达网络;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
尚孟秋;廖良
作者机构：
100020 中国北京市,北京中医药大学;100078 中国北京市,北京中医药大学东方医院眼科
文献出处：
引用格式：
[1]尚孟秋;廖良-.基于加权基因共表达网络分析非动脉炎性前部缺血性视神经病变的关键基因)[J].国际眼科杂志,2022(09):1517-1522
A类：
GSE43671,Psmb9,Psma7,Map3k14,Psme1,Nfkb1,Psma5,Relb,Psmb4,Nfkb2
B类：
加权基因共表达网络分析,非动脉炎性前部缺血性视神经病变,关键基因,GEO,下载,WGCNA,临床表型,相关度,ClusterProfiler,特异性模块,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,Cytoscape,内关,miRNA,互作网络,蓝色,相关性系数,富集分析,皮管,形态发生,生物过程,复合体,细胞成分,眼晶状体,结构组成,人乳头瘤病毒,MAPK,PI3K,Akt,PPI,选得,Rela,5p,9a,3p,相关通路,尚待,动物实验,细胞实验
AB值：
0.184473
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