典型文献
基于TF-mRNA调控网络识别消化道癌症共享功能模块
文献摘要：
目的:分析消化道癌症共享的功能模块及构建TF-mRNA调控网络并探究转录因子在消化道癌症中起到的重要作用.方法:对来自TCGA中消化道癌症RNAseq数据,差异分析应用DESeq2软件包进行分析,以|logFC|>1.5和P<0.05作为阈值筛选差异基因并选取共同差异表达的基因,并利用clusterProfiler软件包对共享差异基因功能富集分析及通路分析.通过STRING数据库获取蛋白互作信息,采用Cytoscape软件里的MCODE插件进行蛋白互作网络模块分解,并在igraph软件包进行模块子网的可视化,最终借助TRRUST数据库构建TF-mRNA调控关系网络.结果:本文识别741共享差异基因,发现重要的共享功能有肌肉收缩、肌肉系统过程、细胞外基质的组织、构建细胞外结构,并识别到重要的转录因子AR,CBX7,ETV4,WT1,PAX2及基因CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1.结论:AR,CBX7,ETV4,HOXC6及CDC6,AGTR1,MMP1,COL1A1是消化道癌症中重要的转录因子及基因.
文献关键词：
消化道癌症;TF-mRNA调控网络;共享功能模块
中图分类号：
作者姓名：
蓝树金;饶绍奇
作者机构：
523808 广东 东莞,广东医科大学 公共卫生学院
文献出处：
引用格式：
[1]蓝树金;饶绍奇-.基于TF-mRNA调控网络识别消化道癌症共享功能模块)[J].肿瘤预防与治疗,2022(02):102-110
A类：
共享功能模块,igraph
B类：
TF,调控网络,消化道癌症,TCGA,RNAseq,分析应用,DESeq2,软件包,logFC,阈值筛选,差异基因,差异表达,clusterProfiler,基因功能,功能富集分析,通路分析,STRING,Cytoscape,MCODE,插件,蛋白互作网络,子网,TRRUST,数据库构建,关系网络,肌肉收缩,细胞外基质,CBX7,ETV4,WT1,PAX2,CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1,HOXC6
AB值：
0.362916
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