典型文献
eRNA AP003469.2与肝细胞癌患者预后的相关性分析
文献摘要：
目的 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中关键的增强子RNA(enhancer RNA,eRNA),探究其作为HCC预后分子和治疗靶点的潜力.方法 从TCGA数据库中检索下载33种癌症类型的基因表达RNA-seq配置文件,应用Kaplan-Meier生存分析和Spearman相关分析筛选与HCC患者生存相关的eRNA和靶基因.评估目的eRNA与临床特征的相关性.进行基因集富集分析以研究目的eRNA潜在的生物学功能.在HCC细胞株Hep 3B中分别构建AP003469.2和靶基因酪氨酸/色氨酸羟化酶激活蛋白ζ(tyrosine and tryptophan hydroxylase activators zeta,YWHAZ)功能缺失细胞模型,定量实时PCR检测AP003469.2敲低后对YWHAZ表达的影响.应用体外增殖实验和transwell实验探究AP003469.2和YWHAZ敲低对细胞增殖和迁移、侵袭能力的影响.在泛癌中验证目的eRNA在其他癌种中的预后潜能.结果 在HCC中,AP003469.2和靶基因YWHAZ与患者不良预后相关,且AP003469.2的表达在患者的组织病理学分级、AJCC分期和T分期方面,差异均具有统计学意义(均P<0.05).基因和通路富集分析结果显示,AP003469.2与参与中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞活化、细胞外基质降解、细胞骨架蛋白重构、细胞伪足和细胞黏附等生物学行为的分子和调控通路相关;进一步分析发现,AP003469.2可能通过中性粒细胞细胞陷阱和细胞伪足调控HCC的发生和发展.定量实时PCR实验证实AP003469.2对靶基因YWHAZ转录的促进作用(P<0.05).CCK-8和transwell实验表明,AP003469.2和YWHAZ敲低均可抑制HCC细胞株Hep 3B的增殖、迁移和侵袭能力(均P<0.01).结论 AP003469.2可能是HCC中的关键eRNA,有潜力成为HCC早期诊断和预后的标志物和治疗靶点.
文献关键词：
肝细胞癌;增强子RNA;AP003469.2;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
李丹秀;何阳菘;程浩;庞茂桂;叶小妮;安广洲;周云;卢瑗瑗;赵晓迪;王新
作者机构：
空军军医大学唐都医院消化内科,陕西 西安710038;空军军医大学西京消化病医院肿瘤生物学国家重点实验室,消化疾病国家临床研究中心,陕西 西安710032
文献出处：
引用格式：
[1]李丹秀;何阳菘;程浩;庞茂桂;叶小妮;安广洲;周云;卢瑗瑗;赵晓迪;王新-.eRNA AP003469.2与肝细胞癌患者预后的相关性分析)[J].实用肿瘤杂志,2022(02):128-137
A类：
AP003469
B类：
eRNA,肝细胞癌,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,hepatocellular,carcinoma,HCC,增强子,enhancer,治疗靶点,下载,seq,配置文件,Kaplan,Meier,生存分析,靶基因,基因集富集分析,研究目的,生物学功能,细胞株,Hep,3B,酪氨酸,色氨酸羟化酶,激活蛋白,tyrosine,tryptophan,hydroxylase,activators,zeta,YWHAZ,细胞模型,敲低,体外增殖,transwell,实验探究,细胞增殖和迁移,侵袭能力,泛癌,不良预后,组织病理学分级,AJCC,通路富集分析,细胞脱颗粒,细胞活化,细胞外基质,细胞骨架蛋白,伪足,细胞黏附,生物学行为,调控通路,陷阱,对靶,CCK,可抑制,迁移和侵袭,诊断和预后
AB值：
0.309721
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