典型文献
生物信息学分析长链非编码RNA在变应性鼻炎中的作用
文献摘要：
目的 识别变应性鼻炎(AR)疾病进展的差异表达基因,探索其竞争性内源RNA(ceRNA)网络调控机制,并筛选潜在的治疗靶点.方法 检索GEO数据库,下载AR的微阵列芯片GSE46171.借助R语言等软件分析得到差异的长链非编码RNA (lncRNA)与信使RNA(mRNA),并通过公共数据库预测与差异lncRNA互作的微小RNA (miRNA)及其调控的mRNA,再与差异mRNA取交集,整合得到lncRNA-miRNA-mRNA关系,构建ceRNA网络.随后采用STRING数据库和cytoscape软件筛选关键基因,利用DAVID数据库分析关键基因的基因功能与相关通路,挖掘关键ceRNA网络.结果 ①与正常鼻黏膜组织对比,AR患者鼻黏膜组织35个lncRNA和2071个mRNA存在差异表达;②筛选出CREB1、PPARG、ETS1、IRF4、JAK2共5个关键基因;③关键基因所富集的功能包括髓细胞分化、DNA结合的正调控等生物学过程,涉及Longevity、AMPK、IL-17等信号通路;④6种miRNA(miR-27a-3p、miR-125a-5p、miR-135a-5p、miR-125b-5p、miR-17-5p、miR-20b-5p)可能在导致AR发生发展过程中发挥关键作用.结论 通过对AR相关lncRNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据.
文献关键词：
变应性鼻炎;长链非编码RNA;竞争性内源RNA;GEO数据库;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
王益玲;王留珍;冯海燕
作者机构：
广西中医药大学,广西南宁530001;柳州市人民医院耳鼻咽喉科,广西柳州545000
文献出处：
引用格式：
[1]王益玲;王留珍;冯海燕-.生物信息学分析长链非编码RNA在变应性鼻炎中的作用)[J].中国耳鼻咽喉颅底外科杂志,2022(01):51-57
A类：
GSE46171
B类：
生物信息学分析,长链非编码,变应性鼻炎,疾病进展,差异表达基因,竞争性,ceRNA,调控机制,治疗靶点,GEO,下载,微阵列芯片,lncRNA,信使,公共数据库,miRNA,交集,STRING,cytoscape,选关,关键基因,DAVID,数据库分析,基因功能,相关通路,鼻黏膜,CREB1,PPARG,ETS1,IRF4,JAK2,功能包,细胞分化,正调控,生物学过程,Longevity,AMPK,27a,3p,125a,5p,135a,125b,20b
AB值：
0.369441
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