典型文献
基于生信分析筛选老年性聋关键基因及相关信号通路研究
文献摘要：
目的 利用生物信息学方法筛选老年性聋小鼠耳蜗组织中的关键基因,并分析其功能,为老年性聋的发病机制和诊治提供新思路.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载GSE6045基因芯片,通过GEO2R筛选出老年性聋小鼠耳蜗组织中的差异表达基因,利用DAVID分析工具进行差异基因的基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,通过STRING分析差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI),通过Cytoscape进行PPI网络的模块以及关键节点基因的分析.结果 在7周龄和36周龄小鼠耳蜗组织中,共筛选出1000个差异表达基因,其中包括560个表达上调基因和440个表达下调基因.这些差异表达基因主要富集在免疫反应、中性粒细胞趋化等过程以及白细胞跨内皮迁移等通路.根据MCODE得分筛选出3个关键作用模块,基于cytoHubba中7种算法,最终筛选出Ptprc、Mmp9、Igf1这3个关键节点基因.结论 本研究利用生物信息学筛选出老年性聋小鼠耳蜗组织中的差异基因及相关通路,帮助理解老年性聋的发生、发展病理机制,为寻找老年性聋新的治疗靶点提供思路.
文献关键词：
老年性聋;生物信息学;基因
中图分类号：
作者姓名：
胡赛南;韩贺舟;马秀岚
作者机构：
中国医科大学附属盛京医院耳鼻咽喉头颈外科 沈阳 110004
文献出处：
引用格式：
[1]胡赛南;韩贺舟;马秀岚-.基于生信分析筛选老年性聋关键基因及相关信号通路研究)[J].中华耳科学杂志,2022(05):791-797
A类：
GSE6045,Ptprc
B类：
生信分析,老年性聋,关键基因,利用生物,生物信息学方法,耳蜗,基因表达数据库,Expression,Omnibus,下载,基因芯片,GEO2R,差异表达基因,DAVID,差异基因,基因本体论,Ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,通路富集分析,STRING,蛋白相互作用,Protein,Interaction,PPI,Cytoscape,关键节点,节点基因,周龄,免疫反应,细胞趋化,跨内皮迁移,MCODE,分筛,cytoHubba,Mmp9,Igf1,研究利用,相关通路,助理,病理机制,治疗靶点
AB值：
0.330692
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