典型文献
基于生物信息学分析结肠癌的预后相关基因及其与免疫细胞的相关性
文献摘要：
目的 探索结肠癌的预后相关基因及其与免疫细胞的相关性.方法 通过GEO数据库筛选差异表达基因(DEGs),使用R"clusterprofiler"包进行功能富集分析.筛选出预后相关基因,并通过qPCR实验验证预后相关基因的表达.使用cibersort算法分析预后相关基因与免疫细胞的相关性.结果 对GSE21510、GSE18105和GSE20916数据集进行分析并取交集,获得50个共同上调DEGs和130个共同下调DEGs,即180个交集基因.在GO功能富集分析方面,交集基因主要富集在细胞对无机物质的反应、锌离子反应、细胞锌离子稳态、铜离子解毒、对铜离子的应力响应等生物学过程(BP)上;在细胞组成(CC)方面,交集基因主要富集在细胞顶端部分、顶端质膜、质膜的外侧、基底质膜等;在分子功能(MF)方面,交集基因主要富集在离子跨膜转运体的活性、G蛋白—偶联受体结合、金属肽酶活性、羧酸跨膜转运体的活性等.在KEGG功能富集方面,交集基因主要参与矿物吸收,胆汁分泌,病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用,PPAR信号通路等.GCNT2与结肠癌预后相关,在结肠癌中低表达.免疫细胞相关性分析发现,GCNT2与幼稚B细胞、调节性T细胞、活化性自然杀伤细胞、滤泡辅助性T细胞呈正相关,与静息性自然杀伤细胞呈负相关.结论 GCNT2与结肠癌预后相关,其可能通过调节免疫细胞的活性参与结肠癌的发展.
文献关键词：
结肠癌;预后;免疫细胞;GCNT2
中图分类号：
作者姓名：
顾智文;巫殷腾;廖存;马辉;张森;张小龙
作者机构：
广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科/广西消化道肿瘤加速康复外科基础研究重点实验室 广西南宁 530021
文献出处：
引用格式：
[1]顾智文;巫殷腾;廖存;马辉;张森;张小龙-.基于生物信息学分析结肠癌的预后相关基因及其与免疫细胞的相关性)[J].结直肠肛门外科,2022(03):255-260,265
A类：
clusterprofiler,cibersort,GSE21510,GSE18105,GSE20916,细胞顶端部分,GCNT2
B类：
生物信息学分析,结肠癌,预后相关基因,免疫细胞,GEO,差异表达基因,DEGs,功能富集分析,qPCR,算法分析,交集,同上,同下,无机物,锌离子,离子反应,离子稳态,铜离子,解毒,应力响应,生物学过程,细胞组成,CC,质膜,底质,MF,跨膜转运,膜转运体,偶联,金属肽酶,羧酸,胆汁,病毒蛋白,细胞因子受体,PPAR,低表达,幼稚,调节性,自然杀伤细胞,滤泡,辅助性,静息,调节免疫
AB值：
0.259197
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