目的 探讨结肠癌癌组织中N-乙酰化转移酶1(NAT1)的表达及其对结肠癌患者预后的影响.方法 通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析NAT1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化结果验证NAT1蛋白在结肠癌中的表达.通过肿瘤基因图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库获得NAT1在结肠癌中的表达数据及相关临床特征参数,分析NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的临床特征和总生存期(OS)的关系,并构建预后模型.采用基因集富集分析(GSEA)预测NAT1相关的基因通路.采用CIBERSORT分析NAT1与免疫浸润的关系.结果 TIMER数据库分析结果显示,在13种肿瘤组织中NAT1 mRNA表达水平低于正常对照组织.TCGA数据库结果提示,结肠癌组织中NAT1 mRNA表达水平均明显低于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义(均P＜0.01),并在GSE44076、GSE44861和GSE73360中得到验证.HPA数据库的免疫组化结果提示,NAT1蛋白在结肠癌组织中呈低表达.TCGA数据库分析结果提示,NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的N分期、M分期和stage分期均有关(均P＜0.01).NAT1高表达组患者OS均好于低表达组(均P＜0.05).单因素Cox分析表明,NAT1 mRNA表达水平是影响结肠癌患者OS的危险因素(P＜0.05),并和其他危险因素构建列线图,同时使用校准曲线和ROC评估了预后模型的特异性和敏感性.选取本院确诊的35例结肠癌患者肿瘤组织作为肿瘤组,选取其癌旁正常组织作为对照组.采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测NAT1表达水平,结果与数据库结果一致(P＜0.05).GSEA结果提示NAT1高表达样本上调抗坏血酸和醛糖酸盐代谢、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢途径、视黄醇代谢、药物代谢相关酶等基因集,而下调糖胺聚糖生物合成途径、Hedgehog信号通路、基底细胞癌、ECM受体作用通路、神经活性配体-受体相互作用途径、Wnt信号通路等基因集.使用CIBERSORT计算每个样品中的免疫细胞浸润,高NAT1组免疫细胞中原始B细胞、静息记忆CD4 T细胞、静息树突状细胞、活化树突状细胞显著增加,而M0巨噬细胞显著减少(均P＜0.05).结论 结肠癌中NAT1 mRNA表达水平下调,NAT1低表达提示结肠癌患者的预后差,可作为结肠癌患者治疗的潜在靶点.

结肠肿瘤;N-乙酰化转移酶1;肿瘤基因图谱数据库;基因表达综合数据库;预后

陈俊杰;郭浩然;施波;陈国梁;邰清亮;侍新宇;姚慧慧;米秀伟;王索;孙金兵;周迪远;顾闻;何宋兵

215000 苏州大学附属第一医院普外科;215000 苏州大学基础医学院生物化学与分子生物学系;215500 常熟市第一人民医院普外科

中华结直肠疾病电子杂志

[1]陈俊杰;郭浩然;施波;陈国梁;邰清亮;侍新宇;姚慧慧;米秀伟;王索;孙金兵;周迪远;顾闻;何宋兵-.基于TCGA和GEO数据挖掘分析NAT1在结肠癌中的表达及预后意义)[J].中华结直肠疾病电子杂志,2022(05):399-408

NAT1,GSE44861,GSE73360,肿瘤基因图谱数据库

TCGA,GEO,挖掘分析,预后意义,乙酰化,转移酶,结肠癌患者,肿瘤免疫,免疫评估,TIMER,数据库分析,类蛋白质,HPA,免疫组化,临床特征参数,总生存期,OS,预后模型,基因集富集分析,GSEA,基因通路,CIBERSORT,免疫浸润,肿瘤组织,低于正常,正常对照,结肠癌组织,癌旁,正常组织,GSE44076,低表达,stage,Cox,列线图,校准曲线,本院,qRT,抗坏血酸,糖酸,戊糖,葡萄糖醛酸,相互转化,蔗糖代谢,卟啉,叶绿素代谢,代谢途径,视黄醇,药物代谢,糖胺聚糖,生物合成途径,Hedgehog,基底细胞癌,ECM,作用通路,作用途径,Wnt,免疫细胞浸润,静息,CD4,树突状细胞,M0,巨噬细胞,潜在靶点,结肠肿瘤,基因表达综合数据库

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