典型文献
甘薯lncRNA TCONS_00074371及其靶基因CHI的克隆及生物信息学分析
文献摘要：
长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是指转录本长度超过200 nt的功能性非编码RNA.lncRNA不仅参与植物生长发育的调控,且响应各种逆境胁迫等生物学过程.查尔酮异构酶(CHI)是植物花青素合成途径中关键酶基因之一.为了挖掘可能参与甘薯块根花青素生物合成的lncRNA,课题组前期对徐紫薯3号(紫肉甘薯)和徐薯18号(白肉甘薯)块根进行了lncRNA测序,并对lncRNA的靶基因进行了预测,发现lncRNA TCONS_00074371及其靶基因CHI可能与花青素合成相关.为进一步深入研究lncRNA在花青素生物合成路径中的功能和调控机理奠定基础,文章以徐紫薯3号为试验材料,克隆lncRNA TCONS_00074371及其靶基因CHI,并对CHI进行生物信息学分析.结果显示,lncRNA TCONS_00074371基因全长为1085 bp;CHI全长852 bp,其ORF长为732 bp,编码243个氨基酸.CHI基因编码蛋白是一个非分泌蛋白.系统进化树分析结果表明,甘薯CHI蛋白与同为旋花科三裂叶薯、圆叶牵牛和牵牛的CHI蛋白聚为同一支,有较近的亲缘关系.RT-qRCR结果显示,lncRNA TCONS_00074371与CHI基因在徐紫薯3号和徐薯18号中存在表达差异,且均在徐紫薯3号品种中的表达量较高,在徐薯18号中的表达量较低.推测lncRNA TCONS_00074371可能通过促进CHI的表达进而正调控甘薯块根花青素的生物合成.
文献关键词：
甘薯;lncRNA;CHI;靶基因;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
史敏莉;唐锐敏;张毅;任豫超;董静静;贾小云;贺立恒
作者机构：
山西农业大学 农学院,山西 太谷 030801;山西农业大学 生命科学学院,山西 太谷 030801
文献出处：
引用格式：
[1]史敏莉;唐锐敏;张毅;任豫超;董静静;贾小云;贺立恒-.甘薯lncRNA TCONS_00074371及其靶基因CHI的克隆及生物信息学分析)[J].山西农业科学,2022(12):1599-1607
A类：
紫肉甘薯
B类：
lncRNA,TCONS,靶基因,CHI,生物信息学分析,长链非编码,Long,coding,转录本,nt,植物生长发育,逆境胁迫,生物学过程,查尔酮异构酶,植物花青素,花青素合成,合成途径,关键酶基因,甘薯块根,花青素生物合成,紫薯,白肉,合成路径,调控机理,全长,bp,ORF,基因编码,编码蛋白,非分,分泌蛋白,系统进化树分析,旋花科,三裂叶薯,圆叶牵牛,亲缘关系,qRCR,表达差异,正调控
AB值：
0.287786
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