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紫苏甲羟戊酸-5-磷酸激酶基因PfPMK的克隆与表达分析
文献摘要：
为了研究甲羟戊酸-5-磷酸激酶(PMK)在紫苏萜类物质生物合成代谢通路中的重要作用,对紫苏转录组数据进行分析,挖掘出紫苏PMK基因参考序列,采用基因克隆技术从紫苏中克隆了PMK基因,利用生物信息学和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法对紫苏PMK基因进行了分析.结果表明,紫苏PMK基因开放阅读框(ORF)全长为1524 bp,编码507个氨基酸.生物信息学分析显示,PfPMK的分子质量为54.73 ku,等电点为5.20,为亲水蛋白;紫苏PfPMK氨基酸与SmPMK、SsPMK、SbPMK和PvPMK同源性较高,说明紫苏PfPMK蛋白在进化过程中保守性较强.亲缘关系分析显示,PfPMK与丹参和一串红的PMK亲缘关系很近,在线软件WoLF-PSORT预测PfPMK蛋白可能定位于质膜或内质网膜上.qRT-PCR结果表明,PfPMK基因在紫苏根、茎、叶中均有表达,在根中的表达量高于在叶和茎中的表达量;紫苏不同生长发育时期的qRT-PCR分析显示,PfPMK基因在9月中下旬表达量较高.首次从紫苏中克隆出PfPMK基因,生物信息学分析该基因属于甲羟戊酸-5-磷酸激酶基因,参与了紫苏萜类物质的生物合成.
文献关键词：
紫苏;PfPMK;萜类;生物信息学;功能分析
中图分类号：
作者姓名：
李辉;温春秀;刘灵娣;温赛群;唐映红;姜涛
作者机构：
湖南文理学院 生命与环境科学学院,湖南 常德 415000;河北省农林科学院 经济作物研究所,河北 石家庄 050051
文献出处：
引用格式：
[1]李辉;温春秀;刘灵娣;温赛群;唐映红;姜涛-.紫苏甲羟戊酸-5-磷酸激酶基因PfPMK的克隆与表达分析)[J].华北农学报,2022(02):49-55
A类：
PfPMK,SmPMK,SsPMK,SbPMK,PvPMK
B类：
紫苏,甲羟戊酸,磷酸激酶,酶基因,克隆与表达,表达分析,萜类物质,生物合成,合成代谢,代谢通路,转录组数据,挖掘出,参考序列,基因克隆,克隆技术,苏中,利用生物,qRT,开放阅读框,ORF,全长,bp,生物信息学分析,分子质量,ku,等电点,亲水,同源性,保守性,亲缘关系分析,丹参,一串红,WoLF,PSORT,质膜,内质网,叶和茎,生长发育时期,中下旬,功能分析
AB值：
0.263476
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