典型文献
脑胶质瘤中miR-29b-3p核心靶基因的鉴定与分析
文献摘要：
目的:探讨miR-29b-3p在脑胶质瘤中的核心靶基因,并分析核心靶基因的临床意义.方法:采用生物信息学分析方法预测、筛选miR-29b-3p的靶基因;使用STRING、Cytoscape软件分析靶基因的蛋白间互相作用(protein-protein interaction,PPI);用GEPIA、CGGA分析其在胶质瘤中的不同状态下的表达差异及生存预后,单因素、多因素Cox比例风险回归模型分析影响预后的独立因素.结果:通过LinkedOmics、miRDB、miRTarBase、TargetScan和starbase数据库预测出22个miR-29b-3p的靶基因,通过构建PPI网络,去除未参与网络关系的基因,综合GEPIA与CGGA数据库分析,剔除COL2A1、DNMT3A和DNMT3B,进一步通过多因素Cox比例风险回归模型分析,最终确定3个核心靶基因:SERPINH1、LOXL2、CDK6.结论:生物信息学分析显示miR-29b-3p在脑胶质瘤中靶向SERPINH1、LOXL2、CDK6基因,各基因的表达量在正常脑组织与肿瘤组织间、肿瘤不同级别间、IDH突变状态和1p/19q共缺失状态下存在差异,其高表达对总生存预后、无复发生存预后存在不良影响,且可作为独立预后因素.
文献关键词：
脑胶质瘤;miR-29b-3p;靶基因;预后;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
卓胜华;羊良旺;陈申波;张金本;张召腾;李争争;杨堃
作者机构：
海南医学院第一附属医院神经外科,海南 海口 570102
文献出处：
引用格式：
[1]卓胜华;羊良旺;陈申波;张金本;张召腾;李争争;杨堃-.脑胶质瘤中miR-29b-3p核心靶基因的鉴定与分析)[J].海南医学院学报,2022(04):258-262,268
A类：
SERPINH1
B类：
脑胶质瘤,29b,3p,靶基因,生物信息学分析,STRING,Cytoscape,protein,interaction,PPI,GEPIA,CGGA,表达差异,生存预后,Cox,LinkedOmics,miRDB,miRTarBase,TargetScan,starbase,预测出,网络关系,数据库分析,COL2A1,DNMT3A,DNMT3B,LOXL2,CDK6,中靶,脑组织,肿瘤组织,同级,IDH,1p,19q,下存,总生存,无复发生存,独立预后因素
AB值：
0.370393
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