典型文献
小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱
文献摘要：
目的 探寻急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)小鼠心肌组织mRNA的差异表达及时序性变化规律.方法 从基因表达综合数据库中下载小鼠AMI相关数据集GSE4648,筛选数据集中AMI实验组和假手术对照组术后0.25、1、4、12、24、48 h 6个时间点左心室心肌组织样本各6个,空白对照组左心室心肌组织样本数据6个,共78个样本数据进行分析.使用R软件包中的Bioconductor package limma分析差异表达基因,使用clusterProfiler进行功能通路富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用关系(protein-protein interaction,PPI)网络、Degree拓扑算法确定关键基因,最后使用Mfuzz进行时序性聚类分析.结果 共1320个差异表达基因与AMI发生发展有关.功能富集结果包括细胞分解代谢过程、炎症反应的调控、肌肉系统及脉管系统发育、细胞黏附等,信号通路主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路.AMI关键基因包括MYL7、TSC22D2、HSPA1A、BTG2、NR4A1、RYR2,在AMI发生后0.25～48 h出现不同程度的上调或下调.结论 AMI中差异表达基因的功能信号通路及关键基因的时序性表达可能为AMI的法医学鉴定提供参考.
文献关键词：
法医病理学;生物信息学;急性心肌梗死;差异表达基因;时序性表达;小鼠
中图分类号：
作者姓名：
李昊;贾孝;白雅琴;吴鹏;郭华林;贠克明;高彩荣;郭相杰
作者机构：
山西医科大学法医学院,山西 晋中 030600;证据科学教育部重点实验室(中国政法大学),北京100088;内蒙古医科大学,内蒙古 呼和浩特 010110
文献出处：
引用格式：
[1]李昊;贾孝;白雅琴;吴鹏;郭华林;贠克明;高彩荣;郭相杰-.小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱)[J].法医学杂志,2022(03):343-349
A类：
GSE4648,Mfuzz,MYL7,TSC22D2
B类：
急性心肌梗死,不同时间点,基因表达谱,acute,myocardial,infarction,AMI,心肌组织,时序性变化,基因表达综合数据库,下载,假手,左心室,空白对照,软件包,Bioconductor,package,limma,差异表达基因,clusterProfiler,通路富集分析,STRING,Cytoscape,软件构建,蛋白质相互作用,相互作用关系,protein,interaction,PPI,Degree,关键基因,功能富集,集结,分解代谢,代谢过程,脉管系统,系统发育,细胞黏附,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,HSPA1A,BTG2,NR4A1,RYR2,时序性表达,法医学鉴定,法医病理学
AB值：
0.315394
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