典型文献
慢性自发性荨麻疹发病机制的生物信息学研究
文献摘要：
目的:利用生物信息学技术筛选慢性自发性荨麻疹(CSU)的关键差异表达基因,为研究CSU的生物学机制与治疗靶点提供新的思路.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE72541数据集,使用R语言limma包筛选CSU组与健康对照组间的差异表达基因,并通过cluster-Profiler R包、STRING在线软件、Cytoscape3.8.2软件的MCODE插件分别对差异表达基因的功能、通路富集与蛋白相互作用进行分析.结果:研究发现CSU组与健康对照组共有86个差异表达基因,其中上调基因64个,下调基因22个(|logFC|>1&P.Val<0.05),GO分析显示,差异表达基因主要富集在血小板活化、血液凝固、中性粒细胞脱颗粒等生物过程;KEGG分析显示,主要与造血细胞系、移植物抗宿主病、金黄色葡萄球菌等相关.此外,建立的PPI网络筛选出62个节点及15个关键基因(CXCL10,MMP9,SELP,MME,ITGA2B,ITGB3,CLU,GP6,C5AR1,C6orf25,GP1BB,VWF,CR1,GP9,PLAU).结论:ITGB3,ITGA2B,MMP9及CR1等基因可能与CSU的发病密切相关.
文献关键词：
荨麻疹;发病机制;生物信息学;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
贾秀娟;乌日娜;萨琦拉;王百灵;贺希格图;特格喜白音;郭靖雪;齐宝鹏;木其日
作者机构：
内蒙古国际蒙医医院皮肤科,呼和浩特,010020;内蒙古国际蒙医医院创新蒙医药工程研究中心,呼和浩特,010070;内蒙古医科大学,呼和浩特,010110
文献出处：
引用格式：
[1]贾秀娟;乌日娜;萨琦拉;王百灵;贺希格图;特格喜白音;郭靖雪;齐宝鹏;木其日-.慢性自发性荨麻疹发病机制的生物信息学研究)[J].中国麻风皮肤病杂志,2022(06):359-364
A类：
GSE72541,SELP,ITGA2B,GP6,C5AR1,C6orf25,GP1BB,GP9
B类：
慢性自发性荨麻疹,生物信息学研究,利用生物,生物信息学技术,技术筛选,CSU,差异表达基因,生物学机制,治疗靶点,Gene,Expression,Omnibus,GEO,下载,limma,cluster,Profiler,STRING,Cytoscape3,MCODE,插件,通路富集,蛋白相互作用,logFC,Val,血小板活化,血液凝固,细胞脱颗粒,生物过程,造血细胞,细胞系,移植物抗宿主病,金黄色葡萄球菌,PPI,关键基因,CXCL10,MMP9,MME,ITGB3,CLU,VWF,CR1,PLAU
AB值：
0.343359
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