典型文献
采用生物信息学方法筛选和分析白癜风差异表达基因
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法探索与白癜风进展相关的信号通路和基因。方法:从GEO数据库中下载白癜风芯片检测数据集GSE75819，利用R语言软件中limma包的LMFit和eBayes函数筛选15例印度白癜风患者皮损与非皮损组织间的差异表达基因（DEG）。通过京都基因与基因组数据库（KEGG）、基因本体论（GO）分析和基因集富集分析（GSEA）评估DEG的富集途径和功能。通过蛋白-蛋白相互作用网络从DEG中筛选中心基因。2019年1 - 6月于新疆维吾尔自治区维吾尔医医院收集8例汉族寻常型白癜风患者皮损及非皮损皮肤组织标本，采用实时定量PCR法验证上述上调及下调差异最大的10个DEG的表达。结果:与15例非皮损组织相比，在15例白癜风皮损组织中共发现148个DEG，其中KRT9、CXCL10、C8ORF59、TPSAB1、RPL26为前5位上调基因，SILV、RPPH1、TYRP1、MLANA、LOC401115为前5位下调基因，且经实时定量PCR在8例汉族白癜风患者皮损及非皮损组织中验证。GO分析显示，DEG主要富集于翻译起始、细胞对脂多糖的反应、核糖体、核糖体亚基和核糖体的结构组成等。KEGG通路分析显示，DEG主要富集于酪氨酸代谢、PPAR信号通路、氧化磷酸化和Toll样受体信号通路。蛋白-蛋白相互作用分析筛选出UPF3B、SNRPG、MRPL13和RPL26L1 4个中心基因。结论:KRT9、CXCL10、C8ORF59、TPSAB1、RPL26、SILV、RPPH1、TYRP1、MLANA及LOC401115可能作为白癜风潜在的诊断标记分子和治疗靶点。
文献关键词：
白癜风;生物信息学;差异表达基因;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
艾尼瓦尔·塔力甫;熊成;热甫哈提·赛买提;玉苏甫·买提努尔;吐尔逊·吾甫尔;阿肯木江·艾尔肯;居来提·阿不都瓦衣提;买买提艾力·卡的
作者机构：
新疆维吾尔自治区维吾尔医医院，乌鲁木齐 830049;新疆医科大学维吾尔医学院，乌鲁木齐 830011
文献出处：
引用格式：
[1]艾尼瓦尔·塔力甫;熊成;热甫哈提·赛买提;玉苏甫·买提努尔;吐尔逊·吾甫尔;阿肯木江·艾尔肯;居来提·阿不都瓦衣提;买买提艾力·卡的-.采用生物信息学方法筛选和分析白癜风差异表达基因)[J].中华皮肤科杂志,2022(05):421-425
A类：
GSE75819,LMFit,eBayes,KRT9,C8ORF59,TPSAB1,RPL26,SILV,RPPH1,MLANA,LOC401115,UPF3B,SNRPG,MRPL13,RPL26L1
B类：
生物信息学方法,差异表达基因,方法探索,GEO,下载,芯片检测,检测数据集,limma,皮损,DEG,京都,基因组数据,基因本体论,基因集富集分析,GSEA,富集途径,蛋白相互作用网络,选中,中心基因,新疆维吾尔自治区,维吾尔医,汉族,寻常型白癜风,皮肤组织,组织标本,实时定量,调差,CXCL10,TYRP1,脂多糖,核糖体,亚基,结构组成,通路分析,酪氨酸,酸代谢,PPAR,氧化磷酸化,Toll,样受体,相互作用分析,标记分子,治疗靶点
AB值：
0.232184
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