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应用生物信息学分析结核分枝杆菌表位串联蛋白W541的结构和功能
文献摘要：
目的:应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌表位串联蛋白W541的结构和功能.方法:本实验室构建的新型结核分枝杆菌DNA疫苗编码蛋白W541是由增殖期抗原Ag85A、Ag85B和潜伏相关抗原Rv3407、Rv1733c的表位串联起来的,其氨基酸序列分别利用ProtParam、Protscale、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORT、SignalP、NetNGlyc、NetPhos、SYFPEITHI、RANKPEP、IEDB、NetMHC、STRING 和 EXPASY生物信息学软件分析该蛋白质的理化性质、亲(疏)水性、跨膜螺旋、二级和三级结构、亚细胞定位、信号肽及糖基化、磷酸化位点,B细胞、辅助性T(Th)细胞和细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,以及蛋白相互作用网络及与人类蛋白的同源性.结果:W541蛋白共由704个氨基酸构成,分子式为C3329H5035N923O993S24,不稳定指数为45.37,为亲水性不稳定蛋白.无跨膜螺旋区及信号肽,细胞内定位为膜蛋白;其二级结构中α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规则卷曲分别占比为26.99％、19.03％、11.51％、42.47％;有6个糖基化位点.62个磷酸化位点,其中苏氨酸、丝氨酸和酪氨酸磷酸化位点分别为15个、35个和12个;具有T细胞和B细胞优势表位;W541蛋白与10个蛋白有相互作用;该蛋白的氨基酸序列与人蛋白的同源性为3.27％.结论:结核分枝杆菌表位串联蛋白W541存在多个潜在的B细胞及T细胞抗原表位,其中以T细胞抗原表位占优势,可能具有较好的免疫原性,并发挥重要的调控作用,为进一步动物实验评价奠定了基础.
文献关键词：
免疫;分枝杆菌;结核;抗原;模型;结构
中图分类号：
作者姓名：
李鹏川;梁艳;张林西;吴雪琼
作者机构：
河北北方学院基础医学院,张家口 075000;中国人民解放军总医院第八医学中心全军结核病研究所全军结核病防治重点实验室结核病诊疗新技术北京市重点实验室,北京100091
文献出处：
引用格式：
[1]李鹏川;梁艳;张林西;吴雪琼-.应用生物信息学分析结核分枝杆菌表位串联蛋白W541的结构和功能)[J].中国防痨杂志,2022(12):1345-1357
A类：
W541,Rv3407,Rv1733c,RANKPEP,EXPASY,C3329H5035N923O993S24
B类：
生物信息学分析,结核分枝杆菌,结构和功能,生物信息学方法,预测分析,编码蛋白,增殖期,Ag85A,Ag85B,氨基酸序列,ProtParam,Protscale,TMHMM,SOPMA,SWISS,MODEL,PSORT,SignalP,NetNGlyc,NetPhos,SYFPEITHI,IEDB,NetMHC,STRING,生物信息学软件,三级结构,亚细胞定位,信号肽,辅助性,Th,细胞毒性,CTL,蛋白相互作用网络,同源性,分子式,亲水性,内定,膜蛋白,二级结构,折叠,无规则,卷曲,糖基化位点,中苏,苏氨酸,丝氨酸,酪氨酸磷酸化,抗原表位,占优势,免疫原性,动物实验,实验评价
AB值：
0.342261
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