典型文献
COPD差异表达基因的生物信息学分析及在LUSC样本中的表达
文献摘要：
为确定慢性阻塞性肺病(COPD)的分子标记物及COPD与肺鳞状细胞癌(LUSC)共存的差异表达基因,探寻COPD合并肺癌的预测因子,发现新的治疗靶点.本研究采用生物信息学方法,从GEO数据库中筛选3套基因芯片数据集,挖掘COPD患者小气道上皮细胞(SAEC)的差异表达基因(DEG)以及潜在的生物标记物,并通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析预测DEGs的功能及参与的代谢途径.继而对DEGs构建PPI网络,使用Cytoscape软件筛选子模块和Hub基因,并将Hub基因通过TCGA数据库分析其在LUSC中的差异表达情况及差异基因间的相关性.结果共获得52个上调基因和24个下调基因,代谢通路主要集中在细胞色素P450对外源物质的代谢、化学致癌、花生四烯酸代谢及甲状腺激素合成四条途径上,通过Cytoscape软件从PPI网络中筛选得到2个功能模块和10个Hub基因,进一步验证发现其中5个基因在TCGA数据库中的LUSC样本中同样差异表达.由此推测SPP1、ALDH3A1、SPRR3、KRT6A和SPRR1B可能为COPD分子标记物及COPD与LUSC共存的DEGs,从而为研究COPD和LUSC的发病机制及二者潜在关系奠定良好的基础.
文献关键词：
COPD;差异表达基因;生物信息学分析;LUSC
中图分类号：
作者姓名：
刘艳玲;刘静;童明琼;范娜;王晓玥;孙婉
作者机构：
德州学院 医药与护理学院,山东 德州253023
文献出处：
引用格式：
[1]刘艳玲;刘静;童明琼;范娜;王晓玥;孙婉-.COPD差异表达基因的生物信息学分析及在LUSC样本中的表达)[J].生物信息学,2022(04):294-302
A类：
SAEC,ALDH3A1,SPRR3,KRT6A
B类：
COPD,差异表达基因,生物信息学分析,LUSC,慢性阻塞性肺病,分子标记物,肺鳞状细胞癌,预测因子,治疗靶点,生物信息学方法,GEO,基因芯片,小气道,气道上皮细胞,生物标记物,基因本体,京都基因与基因组百科全书,富集分析,分析预测,DEGs,代谢途径,PPI,Cytoscape,子模块,Hub,TCGA,数据库分析,差异基因,共获,代谢通路,细胞色素,P450,外源物质,致癌,花生四烯酸代谢,甲状腺激素,四条,选得,功能模块,SPP1,SPRR1B,潜在关系
AB值：
0.298059
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