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水稻白叶枯病菌FabG同源蛋白生物信息学分析
文献摘要：
[目的]拟运用生物信息学的方法对目标基因进行预测分析,为后续展开水稻白叶枯病菌FabG及脂肪酸代谢途径的实验室研究提供参考.[方法]利用大肠杆菌(Escherichia coli)FabG(EcFabG)序列,在Xoo PXO99A菌株基因组中经同源性比对发现,PXO_03085、PXO_00989、PXO_03629、PXO_02411、PXO_02878、PXO_02709所编码蛋白与大肠杆菌 FabG 具有同源性,将该6个基因分别命名为XoofabG1～XoofabG6,并将其编码蛋白命名为XooFabG1～XooFabG6.进一步运用生物信息学在线分析软件对这6个蛋白与EcFabG进行了理化性质、蛋白结构、亲水性、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点及蛋白相互作用网络方面进行预测分析.[结果]6个蛋白(XooFabG1～XooFabG6)在理化性质、亲水性和信号肽方面区别较大,其中XooFabG1是一个不稳定蛋白,属于短链脱氢酶家族,具有酮脂酰ACP还原酶活性,但蛋白稳定性差,很可能与细菌应激状态下的反应有关.XooFabG3被标注为3-酮脂酰ACP还原酶,与EcFabG相比,功能相差较大,推测与辅因子和维生素的代谢相关.XooFabG5具有酮脂酰ACP还原酶结构域(KR domain),但该结构域在蛋白质序列中所处位置与EcFabG相比差异较大,推测其催化底物可能与EcFabG不同.XooFabG6在各方面的性质与EcFabG最接近,推测XooFabG6为3-酮脂酰ACP还原酶并参与脂肪酸合成代谢.但XooFabG2和XooFabG4的功能还不明确.[结论]本文通过预测分析黄单胞菌水稻致病变种中6个同源蛋白的特性,推测了其中4个蛋白可能具有的功能,对研究Xoo的脂肪酸合成途径具有一定意义.
文献关键词：
黄单胞菌水稻致病变种;生物信息学;3-酮脂酰ACP还原酶;预测分析
中图分类号：
作者姓名：
马建荣;余永红;宋卉;刘戈飞;沈晓萌
作者机构：
广东食品药品职业学院,广州 510520
文献出处：
引用格式：
[1]马建荣;余永红;宋卉;刘戈飞;沈晓萌-.水稻白叶枯病菌FabG同源蛋白生物信息学分析)[J].西南农业学报,2022(05):1117-1127
A类：
FabG,EcFabG,PXO,XoofabG1,XoofabG6,XooFabG1,XooFabG6,XooFabG3,XooFabG5,XooFabG2,XooFabG4,黄单胞菌水稻致病变种
B类：
水稻白叶枯病菌,同源蛋白,生物信息学分析,预测分析,续展,开水,脂肪酸代谢途径,实验室研究,大肠杆菌,Escherichia,coli,PXO99A,同源性,编码蛋白,生物信息学在线分析,蛋白结构,亲水性,膜结构,信号肽,磷酸化,蛋白相互作用网络,ACP,还原酶,应激状态,辅因子,酶结构,结构域,KR,domain,蛋白质序列,底物,脂肪酸合成代谢,脂肪酸合成途径
AB值：
0.178647
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