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基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析
文献摘要：
卵形鲳鲹(Trachinotusovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡.筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导.利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异,挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点,并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因.结果表明,测序共获得693.48 Gb数据,其中Q30的平均值为90.8％,注释分析发现了共2 574 178个InDel位点.敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249 395个,其中2 209个位于外显子上,在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因.将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现,3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值,注释分析获得了9个候选基因.筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值,注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据.
文献关键词：
卵形鲳鲹;InDel;重测序;耐低氧性状
中图分类号：
作者姓名：
伞利择;刘宝锁;张楠;郭梁;郭华阳;朱克诚;张殿昌
作者机构：
河北农业大学海洋学院,河北秦皇岛066003;中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;广东省海洋生物种业工程技术研究中心,广东广州510300
文献出处：
引用格式：
[1]伞利择;刘宝锁;张楠;郭梁;郭华阳;朱克诚;张殿昌-.基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析)[J].南方水产科学,2022(05):100-109
A类：
耐低氧性状,Trachinotusovatus
B类：
卵形鲳鲹,InDel,性状关联,耗氧率,鱼类,分子标记,功能基因,选育,全基因组重测序,候选基因,共获,Gb,Q30,个位,外显子,核苷酸切除修复,复信,黏着,异基因,选择育种
AB值：
0.177612
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