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基于全基因组测序及平均核苷酸一致性分析鉴定1株哥伦比亚分枝杆菌
文献摘要：
目的 通过全基因组测序技术结合平均核苷酸一 致性分析鉴定1株哥伦比亚分枝杆菌.方法 1株分离自系统性红斑狼疮患者皮肤溃疡处的分枝杆菌,经抗酸染色初步鉴定、常规细菌培养获得菌株,采用质谱技术进行菌种鉴定,对分离菌株进行DNA提取和全基因组测序及生物信息分析.结果 皮肤溃疡分泌物标本直接涂片抗酸染色呈阳性;分泌物经7 d培养可见细小菌落(编号MC230),抗酸染色阳性;质谱鉴定未获得菌种信息;MC230基因组大小为5 671 138 bp,GC含量为67.93%;MC230与哥伦比亚分枝杆菌模式菌株CECT 3035的平均核苷酸一 致性分析(OrthoANI)值为98.05%.结论 全基因组测序技术结合平均核苷酸一 致性分析可准确实现哥伦比亚分枝杆菌鉴定.
文献关键词：
哥伦比亚分枝杆菌;系统性红斑狼疮;全基因组测序;平均核苷酸一 致性
中图分类号：
作者姓名：
蔡兴龙;耿林玉;纪玥玥;贾佳;高硕;周万青
作者机构：
南京大学医学院附属鼓楼医院检验科,南京210008;南京大学医学院附属鼓楼医院风湿免疫科,南京210008
文献出处：
引用格式：
[1]蔡兴龙;耿林玉;纪玥玥;贾佳;高硕;周万青-.基于全基因组测序及平均核苷酸一致性分析鉴定1株哥伦比亚分枝杆菌)[J].临床检验杂志,2022(08):612-614
A类：
MC230,OrthoANI
B类：
全基因组测序,平均核苷酸一致性,一致性分析,分析鉴定,哥伦比亚分枝杆菌,技术结合,系统性红斑狼疮,皮肤溃疡,抗酸染色,细菌培养,质谱技术,菌种鉴定,分离菌株,生物信息分析,分泌物,涂片,细小,菌落,编号,质谱鉴定,未获,基因组大小,bp,CECT
AB值：
0.194447
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