典型文献
桃NAC家族基因生物信息学分析及其响应低温胁迫的表达特征
文献摘要：
NAC(NAM-ATAF1/2-CUC2)是植物特有的具有多种生物功能的一类重要转录因子,在植物应对非生物胁迫、激素信号应答与器官形成中发挥重要作用.为了解桃NAC蛋白(PpNAC)及其在桃低温胁迫过程中的响应,采用生物信息学方法和qRT-PCR系统分析了桃NAC家族基因的成员、结构、功能和低温胁迫下的表达.结果表明,桃NAC家族共有119个成员,命名为PpNAC001～PpNAC119.PpNACs的氨基酸长度在68～862 aa,平均氨基酸长度为352 aa,分子量为7.2～96.1 ku,等电点为4.3～9.5.除PpNAC119定位在染色体骨架上之外,其余基因均定位在桃的8条染色体上.基因结构和保守基序分析表明,位于同一亚族的成员基因结构相似,外显子数量和长度基本相同,并且同一亚族中的成员所含motif的种类和排列顺序基本相似,推测同一亚族的成员可能具有相同的功能,而不同亚族之间的差异可能与他们的功能特异性有关.对PpNACs蛋白启动子区2000 bp的序列进行顺式作用元件分析,结果表明,脱落酸响应原件、光响应原件、茉莉酸甲酯响应原件、赤霉素响应原件、低温响应原件和生长素响应原件在筛选到的所有原件中占比较大.qRT-PCR结果显示,在4℃低温胁迫2、6 h,部分基因表达量上调不明显;低温胁迫12 h,16个NAC基因的表达量均显著上调.
文献关键词：
NAC转录因子;桃;低温胁迫;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
李小兰;张瑞;郝兰兰;王鸿
作者机构：
甘肃农业大学 园艺学院,甘肃 兰州 730070;甘肃省农业科学院 林果花卉研究所,甘肃 兰州 730070
文献出处：
引用格式：
[1]李小兰;张瑞;郝兰兰;王鸿-.桃NAC家族基因生物信息学分析及其响应低温胁迫的表达特征)[J].浙江农业学报,2022(04):766-780
A类：
PpNAC,PpNAC001,PpNAC119,PpNACs
B类：
家族基因,生物信息学分析,低温胁迫,表达特征,NAM,ATAF1,CUC2,生物功能,非生物胁迫,激素信号,生物信息学方法,qRT,aa,分子量,ku,等电点,体骨,架上,基因结构,保守基序,结构相似,外显子,基本相同,所含,motif,排列顺序,功能特异性,启动子区,bp,顺式作用元件,脱落酸,原件,光响应,茉莉酸甲酯,赤霉素,低温响应,生长素,基因表达量
AB值：
0.304969
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