典型文献
MCF-7和HMEC细胞系特异的CTCF结合位点的预测
文献摘要：
转录因子可与特定的DNA序列结合调控基因的表达,研究发现转录因子CTCF的结合对乳腺癌等癌症的发生也有一定的影响.以乳腺癌细胞系(MCF-7)和乳腺正常细胞系(HMEC)为研究对象,分别构建癌细胞系特异的和正常细胞系特异的转录因子CTCF结合位点数据集.根据染色质开放、DNA甲基化,以及CTCF、RAD21、SMC3这三个转录因子的结合模体特征,利用支持向量机(SVM)和随机森林(RF)方法对MCF-7和HMEC细胞系特异的CTCF结合位点进行预测,结果表明,SVM的最佳预测准确率为83.09％,RF的最佳预测准确率为 84.19％.
文献关键词：
CTCF;结合位点;支持向量机;随机森林
中图分类号：
作者姓名：
柴露;刘影;孙慧敏;刘俊杰;张利绒
作者机构：
内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特010021
文献出处：
引用格式：
[1]柴露;刘影;孙慧敏;刘俊杰;张利绒-.MCF-7和HMEC细胞系特异的CTCF结合位点的预测)[J].内蒙古大学学报（自然科学版）,2022(02):158-165
A类：
RAD21,SMC3
B类：
MCF,HMEC,CTCF,结合位点,调控基因,乳腺癌细胞系,染色质,甲基化,模体,RF,预测准确率
AB值：
0.170897
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