典型文献
基于前列腺癌基因数据集与甲基化数据集筛选前列腺癌预后潜在标志物
文献摘要：
目的:筛选出前列腺癌预后相关甲基化基因，以期寻找出前列腺癌预后潜在生物标志物。方法:通过GEO数据库，检索到2个前列腺癌相关基因表达数据集（GSE46602、GSE55945）和2个前列腺癌甲基化数据集（GSE112047、GSE76938），并对两类数据集进行甲基化差异基因筛选。使用DAVID数据库对差异基因进行功能注释和通路富集分析。使用STRING数据库和Cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析，并筛选出关键基因。利用TCGA数据库验证关键基因的表达数据和甲基化数据的相关性，同时利用其临床数据验证关键基因表达对预后的影响，最后再对关键基因的预后价值进行评估。结果:共筛选出57个甲基化差异表达基因，其中48个高甲基化低表达基因，9个低甲基化高表达基因。差异基因在代谢途径和肿瘤途径两条通路显著富集。通过蛋白互作网络筛选出6个关键基因，通过TCGA数据库初步验证和进一步预后价值评估发现PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因与前列腺癌预后显著相关。结论:PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因有望成为前列腺癌预后的潜在生物标志物。
文献关键词：
前列腺癌;DNA甲基化;预后生物标志物
中图分类号：
作者姓名：
王苏贵;王海梅;姜福金;吴自余;张先云
作者机构：
徐州医科大学附属淮安医院泌尿外科，淮安 223002
文献出处：
引用格式：
[1]王苏贵;王海梅;姜福金;吴自余;张先云-.基于前列腺癌基因数据集与甲基化数据集筛选前列腺癌预后潜在标志物)[J].中华转移性肿瘤杂志,2022(03):250-256
A类：
前列腺癌相关基因,GSE55945,GSE112047,GSE76938
B类：
癌基因,基因数据,潜在标志物,潜在生物标志物,GEO,相关基因表达,基因表达数据,GSE46602,差异基因筛选,DAVID,功能注释,通路富集分析,STRING,Cytoscape,蛋白互作网络分析,TCGA,临床数据,数据验证,关键基因表达,预后价值,差异表达基因,高甲基化,低表达,高表达基因,代谢途径,价值评估,PTGDS,AOX1,IGF1,预后生物标志物
AB值：
0.230056
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