典型文献
整合生物信息学挖掘胃癌潜在关键生物标志物
文献摘要：
目的:通过整合生物信息学挖掘胃癌潜在关键生物标志物.方法:本研究从GEO数据库下载数据集联合分析,借助R语言挖掘差异基因集,并功能注释和富集这些基因的相关生物通路;采用String数据库和Cytoscape软件挖掘关键基因,并借由Onconmine数据库验证关键基因.结果:本研究总共确定了98个共有差异基因,包括30个上调和68个下调基因.差异基因的显著性功能通路途径包括:胞外基质-受体互作、黏着斑、视黄醇新陈代谢及胃酸分泌.基因富集分析发现差异基因参与跨膜受体、胞外基质、组织内稳态等过程;通过分子网络挖掘了10个可能的致病关键基因,生存曲线分析发现SPP1和MMP9可能与胃癌患者预后相关.结论:本研究鉴定的差异基因和关键基因有助于我们了解胃癌的致病分子机制,并为胃癌的筛查与治疗提供新的候选生物标志物.
文献关键词：
胃癌;生物信息学;芯片挖掘;关键基因筛选
中图分类号：
作者姓名：
李超;耿艳芳;洪展桐
作者机构：
南方医科大学附属佛山妇幼保健院中心实验室,广东佛山 528000;中山大学附属第一医院东院区科教科,广东 广州510080
文献出处：
引用格式：
[1]李超;耿艳芳;洪展桐-.整合生物信息学挖掘胃癌潜在关键生物标志物)[J].现代肿瘤医学,2022(03):476-480
A类：
Onconmine,芯片挖掘
B类：
整合生物信息学,生物标志物,GEO,下载数据,联合分析,功能注释和富集,生物通路,String,Cytoscape,总共,共有差异基因,性功能,路途,胞外基质,黏着斑,视黄醇,新陈代谢,胃酸分泌,基因富集分析,膜受体,内稳态,分子网络,网络挖掘,生存曲线分析,SPP1,MMP9,胃癌患者,关键基因筛选
AB值：
0.321148
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