典型文献
抗体基因点突变、插入和缺失体外检测方法的建立及应用
文献摘要：
目的·建立由激活诱导胞苷脱氨酶(activation-induced cytidine deaminase,AID)引起的体细胞高频突变过程中,快速检测抗体基因可变(variable,V)、多样(diversity,D)、连接(joining,J)区发生突变(包括点突变、插入和缺失事件)的体外方法.应用该方法检测经2种DNA聚合酶β(polymeraseβ,Polβ)抑制剂处理的细胞中抗体基因VDJ片段的突变情况.方法·用慢病毒感染法处理CH12F3细胞(即处理组),感染前的CH12F3细胞为对照组.采用蛋白质印迹法(Western blotting)检测2组细胞中AID的表达水平.构建高通量测序文库,应用生物信息学的方法分析处理组和对照组细胞中抗体基因VDJ片段的点突变、插入及缺失频率.采用不同浓度的Polβ抑制剂[扎西他滨(2',3'-dideoxycytidine,DDC)、5-甲氧基黄铜(5-methoxyflavone,5-MF)]处理CH12F3细胞,并采用台盼蓝拒染法测定该2种抑制剂对细胞增殖的影响.分别以筛选得到的DDC浓度、5-MF浓度处理CH12F3细胞(即实验组),以0.9％NaCl处理的细胞及DMSO处理的细胞依次记为上述实验组的对照组,使用上述已建立的方法进行处理,最终行高通量测序,分析该2种抑制剂对抗体基因VDJ片段中点突变、插入及缺失频率的影响.结果·Western blotting结果显示,和CH12F3细胞对照组相比,CH12F3细胞处理组中AID表达较高;且高通量测序结果显示,该组在抗体基因VDJ片段上存在大量的点突变,且插入和缺失的频率均较高(均P=0.000).台盼蓝拒染法检测显示,处理CH12F3细胞最适宜的DDC浓度为100μmol/L、5-MF浓度为25μmol/L.最终的高通量测序结果显示,和0.9％NaCl对照组相比,经100μmol/L DDC处理的细胞在抗体基因VDJ片段的点突变频率较低(P=0.000),长度为1 bp的缺失频率亦较低(P=0.009);和DMSO对照组相比,经25μmol/L 5-MF处理的细胞在抗体基因VDJ片段的点突变频率较低(P=0.000),长度大于1 bp的插入和缺失频率亦有所下降(均P=0.000).
文献关键词：
激活诱导胞苷脱氨酶;点突变;插入;缺失
中图分类号：
作者姓名：
罗思敏;叶菱秀;郝茜
作者机构：
上海交通大学基础医学院免疫学与微生物学系,上海市免疫学研究所,上海 200025
文献出处：
引用格式：
[1]罗思敏;叶菱秀;郝茜-.抗体基因点突变、插入和缺失体外检测方法的建立及应用)[J].上海交通大学学报（医学版）,2022(04):518-527
A类：
激活诱导胞苷脱氨酶,VDJ,CH12F3,dideoxycytidine
B类：
基因点突变,失体,体外检测,建立及应用,activation,induced,deaminase,AID,体细胞,高频突变,快速检测,检测抗体,variable,diversity,joining,失事,外方,polymerase,Pol,慢病毒感染,蛋白质印迹法,blotting,序文,文库,分析处理,扎西,DDC,甲氧基,黄铜,methoxyflavone,MF,台盼蓝,选得,NaCl,DMSO,记为,中点,该组,突变频率,bp
AB值：
0.241529
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