典型文献
2例新型冠状病毒肺炎病例的流行病学及基因特征分析
文献摘要：
目的 应用第3代纳米孔基因测序技术对新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)患者进行流行病学溯源分析,为新冠肺炎疫情防控及时提供数据支持和决策依据.方法 回顾性分析江苏省扬州市2例境外输入新冠肺炎患者的临床资料、实验室检测指标和第3代纳米孔全基因组测序结果,对2例患者分别进行流行病学及基因组特征分析.结果 2例患者发病前14 d内均有境外旅居史,确诊后均严格执行闭环管理,未出现后续感染病例.2例患者临床症状轻微,核酸循环阈值(Ct值)较低,其中病例1的新型冠状病毒IgG抗体检测结果为阳性(化学发光法).病例1、病例2标本的基因测序结果显示,基因长度分别为29 873、29 850 bp,覆盖度分别为99.85％、99.83％.基因进化树分析结果显示,2例患者感染毒株均为奥密克戎变异株,分属不同分支.病例1感染毒株为奥密克戎变异株BA.1.1,与hCoV-19_USA_FLCDC-STMN2MXMA3HU_2021同源性最高(99.95％),病例 2 感染毒株为奥密克戎变异株 BA2.2.3,与 hCoV-19_Finland_THL-202205846_2022、hCoV-19_Japan_PG-177427_2022 等同源性最高(100.00％).与标准参考株相比,2例患者感染的毒株基因组S蛋白分别出现31、28个氨基酸位点突变.结论 2例新冠肺炎患者均为境外输入轻症病例,奥密克戎变异株基因序列在S蛋白受体结合区域出现多个位点改变,影响了病毒特性.闭环管理和佩戴N95 口罩能有效防止奥密克戎变异株的传播.第3代纳米孔基因测序技术可用于新型冠状病毒溯源分析,在地市级疾控机构精准化防控策略的实施中具有较好的应用前景.
文献关键词：
新型冠状病毒肺炎;奥密克戎变异株;纳米孔基因测序;基因分析;流行病学
中图分类号：
作者姓名：
王寅;黄瑶;张军;李鑫娜;周乐;朱维维;杨庆贵;徐勤;孔桂美
作者机构：
江苏省扬州市疾病预防控制中心,江苏扬州,225002;江苏国际旅行卫生保健中心,江苏南京,210000;扬州大学医学院,江苏扬州,225009
文献出处：
引用格式：
[1]王寅;黄瑶;张军;李鑫娜;周乐;朱维维;杨庆贵;徐勤;孔桂美-.2例新型冠状病毒肺炎病例的流行病学及基因特征分析)[J].实用临床医药杂志,2022(19):76-82
A类：
FLCDC,STMN2MXMA3HU,BA2,THL
B类：
基因特征分析,纳米孔基因测序,基因测序技术,溯源分析,新冠肺炎疫情防控,决策依据,扬州市,境外输入,新冠肺炎患者,实验室检测指标,全基因组测序,基因组特征,旅居,严格执行,闭环管理,感染病,核酸循环,循环阈值,Ct,IgG,抗体检测,化学发光法,bp,覆盖度,基因进化树,进化树分析,染毒,毒株,奥密克戎变异株,分属,hCoV,USA,同源性,Finland,Japan,PG,等同,氨基酸位点,位点突变,轻症,基因序列,个位,病毒特性,佩戴,N95,口罩,地市级,疾控机构,防控策略,基因分析
AB值：
0.271883
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