典型文献
基于exoRBase数据库胰腺癌患者血液外泌体竞争性内源RNA网络的构建
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法构建胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探讨其发病机制.方法:从exoRBase数据库下载PAAD患者和正常对照的血液外泌体测序数据,使用R语言分别对外泌体mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及环状RNA(circular RNA,circRNA)的表达谱进行差异分析.使用TargetScan和miRanda数据库共同预测与差异表达mRNA结合的微小RNA(microRNA,miRNA).使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表达circRNA结合的miRNA.将相关的mRNA、circRNA、lncRNA和其相对应的miRNA预测数据导入Cytoscape软件中对ceRNA网络进行可视化.并使用R语言进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集.采用CytoHubba插件确定Hub基因,表达谱交互分析数据库GEPIA分析PAAD和正常样本的基因测序表达数据.比较PAAD患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,并绘制对应Hub基因的生存曲线.结果:筛选出120个差异表达的mRNA,48个差异表达lncRNA,23个差异表达circRNA.采用Cytoscape软件构建了ceRNA网络,共19个mRNA节点、12个lncRNA节点、3个circRNA节点、31个miRNA节点.GO富集分析显示,mRNA主要富集在富含ficolin-1颗粒腔和组蛋白脱乙酰酶结合.KEGG富集分析显示调控网络中差异表达的mRNA主要富集在黏附连接通路、结直肠癌通路和神经营养信号通路.找到关键的Hub基因小GTP酶Ras相关C3肉毒杆菌毒素底物1(the small GTPase Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1,RAC1),GEPIA显示PAAD患者RAC1基因表达水平明显升高.生存分析结果显示RAC1低表达组PAAD患者的生存率显著高于高表达组.结论:本研究成功构建PAAD患者血液外泌体中的ceRNA调控网络,为PAAD的诊断和治疗提供确切靶点.
文献关键词：
胰腺癌;外泌体;竞争性内源核糖核酸;调控网络;富集分析
中图分类号：
作者姓名：
朱康乐;许李俊;王崇宇;王庆庆
作者机构：
南通大学杏林学院医学部,南通 226007;南通大学附属医院普外科
文献出处：
引用格式：
[1]朱康乐;许李俊;王崇宇;王庆庆-.基于exoRBase数据库胰腺癌患者血液外泌体竞争性内源RNA网络的构建)[J].南通大学学报（医学版）,2022(03):239-243
A类：
竞争性内源核糖核酸
B类：
exoRBase,胰腺癌,生物信息学方法,pancreatic,adenocarcinoma,PAAD,competing,endogenous,ceRNA,调控网络,下载,正常对照,外泌体测序,序数,长链非编码,long,coding,lncRNA,circular,circRNA,表达谱,TargetScan,miRanda,差异表达,microRNA,miRNA,miRcode,starBase,将相,预测数据,数据导入,Cytoscape,基因本体论,ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,genomes,CytoHubba,插件,交互分析,GEPIA,基因测序,生存曲线,软件构建,富集分析,ficolin,组蛋白脱乙酰酶,黏附连接,接通,结直肠癌,神经营养,Ras,C3,肉毒杆菌毒素,底物,small,GTPase,related,botulinum,toxin,substrate,RAC1,基因表达水平,生存分析,低表达,诊断和治疗
AB值：
0.357063
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
