典型文献
综合微阵列分析揭示软骨损伤患者的关键基因和miRNAs
文献摘要：
目的 挖掘软骨损伤和再生相关的mRNA和miRNA生物标志物.方法 分析包含来自同一患者的膝关节受损和未受损样本的基因表达数据集(GSE129147).借助R语言软件LIMMA筛选差异表达基因(DEG),结合ClusterProfiler进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书功能富集分析.应用Cytoscape插件、CytoHubba和MCODE筛选蛋白质-蛋白质相互作用网络和中枢基因.结果 共鉴定出422个DEG,涉及骨骼系统发育、骨发育、骨化、间充质发育、间充质细胞分化、结缔组织发育、成骨细胞分化和细胞外基质.筛选30个中枢基因,鉴定了 3个蛋白质-蛋白质相互作用模块.构建了miRNAs与靶标DEG之间的调控网络.结论 中枢基因与基因本体论之间的关系表明WNT5A和COL1A1可能在软骨损伤中起重要作用.MiRNet预测DEG的miRNAs,miRNA-mRNA网络显示一些重要的miRNAs,miR-335-5p、miR-92a-3p和miR-98-5p可能具有损伤软骨再生或修复的潜能.
文献关键词：
软骨;损伤;蛋白质-蛋白质相互作用网络
中图分类号：
作者姓名：
何咏霖;王磊庆;廖智鹏;郎泽昆;孟子湘;秦宝龙;李广杰
作者机构：
兰州大学第一临床医学院,甘肃兰州730000;兰州大学第二临床医学院,甘肃兰州730000;兰州大学第一医院骨科第二科室,甘肃兰州730000
文献出处：
引用格式：
[1]何咏霖;王磊庆;廖智鹏;郎泽昆;孟子湘;秦宝龙;李广杰-.综合微阵列分析揭示软骨损伤患者的关键基因和miRNAs)[J].兰州大学学报（医学版）,2022(07):16-21
A类：
GSE129147,MiRNet
B类：
微阵列分析,软骨损伤,伤患,关键基因,miRNAs,生物标志物,膝关节,基因表达数据,LIMMA,差异表达基因,DEG,ClusterProfiler,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,功能富集分析,Cytoscape,插件,CytoHubba,MCODE,蛋白质相互作用网络,中枢基因,骨骼系统,系统发育,骨发育,骨化,间充质细胞,结缔组织,成骨细胞分化,细胞外基质,靶标,调控网络,WNT5A,COL1A1,5p,92a,3p,有损,软骨再生
AB值：
0.332924
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