典型文献
整合素连接激酶在食管鳞状细胞癌中的表达和生物信息分析
文献摘要：
目的 基于生信数据挖掘整合素连接激酶(Integrin linked kinase,ILK)参与食管鳞癌的潜在机制,探讨ILK在食管鳞状细胞癌(简称食管鳞癌)中的表达及临床意义.方法 收集2008年7月—2015年4月在新疆医科大学第一附属医院肿瘤科诊断为食管鳞癌的52例患者血液标本作为实验组.同期年龄、性别相匹配的健康体检者26例作为正常对照组.利用同位素相对和绝对定量(iTRAQ)技术筛选出参与食管鳞癌的差异蛋白,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白免疫印迹(Western blot,WB)法验证其在食管鳞癌与正常食管上皮细胞中的表达;运用UALCAN分析食管鳞癌芯片中ILK表达与预后相关性;利用Linked Omics和Cytoscape软件获得ILK共表达基因集,并进行基因功能分类体系(Gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)富集分析;结合String和Cytoscape筛选出前10位的核心基因(Hub gene)并构建蛋白质—蛋白质相互作用网络图(PPI);通过GEPIA分析Hub gene mRNA水平在食管癌组织中的表达及预后关系.结果 ILK在食管鳞癌患者血清中高表达(P<0.05);qRT-PCR、Western blot法结果显示,食管鳞癌TE-1和KYSE150细胞中的ILK相对表达量均显著高于正常食管上皮SHEE细胞(P<0.05);相同病理组织分化程度下,ILK高表达可显著降低食管鳞癌患者总生存期(P<0.05);Linked Omics分析获得175个共表达基因;GO分析生物学过程主要富集在金属内肽酶抑制剂活化、负调控通路受限的SMAD蛋白磷酸化等,细胞组成主要在细胞外基质、细胞骨架等,分子功能主要为整合素结合、生长因子结合等;KEGG富集在细胞外基质受体相互作用、TGFβ信号通路、黏附等.PPI分析筛选出前10位的核心基因,如FN1等,数据库分析显示有9个在食管癌中异常表达,FN1和BGN高表达与患者无病生存期减少显著相关.结论 ILK参与食管鳞癌的发生、发展,ILK的高表达对食管鳞癌预后的判断具有一定的参考价值.
文献关键词：
整合素连接激酶;食管鳞癌;数据库;分子机制
中图分类号：
作者姓名：
刘娟;魏瑜;高艳;曹雷雨;马晓丽;张莉
作者机构：
新疆医科大学第一附属医院综合内四科/特需内科,乌鲁木齐830054
文献出处：
引用格式：
[1]刘娟;魏瑜;高艳;曹雷雨;马晓丽;张莉-.整合素连接激酶在食管鳞状细胞癌中的表达和生物信息分析)[J].新疆医科大学学报,2022(06):581-587
A类：
SHEE
B类：
整合素连接激酶,食管鳞状细胞癌,生物信息分析,生信,Integrin,linked,kinase,ILK,食管鳞癌,潜在机制,新疆医科大学,肿瘤科,血液标本,健康体检者,正常对照,同位素,绝对定量,iTRAQ,技术筛选,差异蛋白,qRT,蛋白免疫印迹,blot,WB,上皮细胞,UALCAN,预后相关性,Linked,Omics,Cytoscape,共表达基因,基因功能,功能分类,分类体系,Gene,ontology,京都基因和基因组百科全书,Kyoto,encyclopedia,genes,nomes,富集分析,String,核心基因,Hub,蛋白质相互作用网络,网络图,PPI,GEPIA,食管癌组织,预后关系,TE,KYSE150,相对表达量,病理组织,组织分化,分化程度,总生存期,生物学过程,金属内肽酶,酶抑制剂,负调控,调控通路,SMAD,蛋白磷酸化,细胞组成,细胞外基质,细胞骨架,TGF,FN1,数据库分析,异常表达,BGN,无病生存期
AB值：
0.320481
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