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基于GEO数据库分析支气管肺发育不良发生的关键基因及通路
文献摘要：
目的:采用生物信息学方法分析支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生的关键基因和信号通路.方法:在基因表达综合数据库(GEO)中筛选数据集,使用GEO2R工具筛选出BPD与非BPD极早早产儿之间的差异表达基因.使用DAVID数据库进行功能注释和通路分析,使用STRING在线工具完成关键差异表达基因的蛋白质相互作用(PPI)网络构建,通过Cytoscape软件筛选出核心基因,并对其进行可视化处理.结果:差异分析得到表达上调的基因375个,表达下调的基因390个;GO富集分析显示差异表达基因参与细胞对钙离子的反应、RN A聚合酶Ⅱ启动子转录调控、心脏发育等生物过程;KE GG富集分析显示差异表达基因集中于胰高血糖素信号通路、乳腺癌信号通路.通过PPI网络筛选得到10个核心基因,分别为Jun原癌基因(JUN)、Fos原癌基因(FOS)、SWI/SNF染色体重塑复合体亚基4(SMARCA4)、激活转录因子3(ATF3)、早期生长反应蛋白1(EGR1)、Erb-b2受体酪氨酸激酶(ERBB2)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARA)、FosB原癌基因(FOSB)、核受体亚家族4A组成员1(NR4A1)、胰岛素样生长因子1(IGF1).结论:JUN、FOS、ATF3、EGR1基因可能在BPD发生发展过程中发挥重要作用.
文献关键词：
支气管肺发育不良;早产儿;生物信息学分析;GEO数据库;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
颉相君;张博;吕莹;宁尚伟;曲书强
作者机构：
哈尔滨医科大学附属第二医院儿内科,黑龙江 哈尔滨150086;哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,黑龙江 哈尔滨150081
文献出处：
引用格式：
[1]颉相君;张博;吕莹;宁尚伟;曲书强-.基于GEO数据库分析支气管肺发育不良发生的关键基因及通路)[J].江苏大学学报（医学版）,2022(02):99-103,107
A类：
B类：
数据库分析,支气管肺发育不良,关键基因,生物信息学方法,bronchopulmonary,dysplasia,BPD,基因表达综合数据库,GEO2R,极早,早早,早产儿,DAVID,功能注释,通路分析,STRING,蛋白质相互作用,PPI,网络构建,Cytoscape,核心基因,可视化处理,富集分析,钙离子,RN,启动子,转录调控,心脏发育,生物过程,KE,GG,差异表达基因集,胰高血糖素,选得,Jun,原癌基因,JUN,SWI,SNF,复合体,亚基,SMARCA4,ATF3,早期生长,EGR1,Erb,b2,受体酪氨酸激酶,ERBB2,过氧化物酶体增殖物激活受体,PPARA,FosB,FOSB,核受体,亚家族,组成员,NR4A1,胰岛素样生长因子,IGF1,生物信息学分析
AB值：
0.393713
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