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lncRNA SNHG5对人类下咽癌细胞转录组学的影响及意义
文献摘要：
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)SNHG5对人类下咽癌细胞株FaDu转录组学的影响.方法 构建rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒和rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒,将感染rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒的FaDu细胞作为rLV-SNHG5组,将感染rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒的FaDu细胞作为rLV组.筛选差异基因集并进行基因转录能力、基因本体(GO)功能、京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路、Reactome通路、疾病本体(DO)功能分析.结果 rLV-SNHG5组SNHG5相对表达量显著高于rLV组(P<0.01).基因差异分析共筛选出1070个差异表达的基因,其中表达上调537个、表达下调533个.表达上调居前10位基因分别为LCP1、NT5E、CTGF、AXL、AKAP12、PXDN、THBS1、4-Mar、TMEM200A和RIPOR3,表达下调居前10位基因分别为PKP1、SERPINB13、KLK10、AC011473.4、NOTCH3、CA2、EGLN3、SLC6A8、KRT4和VAV3.功能分析结果显示,SNHG5改变了FaDu细胞部分基因的转录能力、参与调控GO功能、KEGG信号通路、Reactome通路和DO功能.结论 SNHG5对FaDu细胞的转录组学有一定的影响.
文献关键词：
小核仁RNA宿主基因5;长链非编码RNA;转录组学;下咽癌
中图分类号：
作者姓名：
周焕;唐颖;杜翠萍;杨扬;冯会杰;邱淼欣;闫佩毅;蔡骁垚;金姝
作者机构：
南华大学衡阳医学院,湖南 衡阳 421001;上海市普陀区人民医院耳鼻喉科,上海 200060;上海市普陀区人民医院检验科,上海 200060;上海市普陀区人民医院中心实验室,上海 200060
文献出处：
引用格式：
[1]周焕;唐颖;杜翠萍;杨扬;冯会杰;邱淼欣;闫佩毅;蔡骁垚;金姝-.lncRNA SNHG5对人类下咽癌细胞转录组学的影响及意义)[J].检验医学,2022(03):281-287
A类：
hSNHG5,AKAP12,PXDN,TMEM200A,RIPOR3,SERPINB13,KLK10,AC011473,EGLN3,KRT4,VAV3
B类：
lncRNA,下咽癌,癌细胞,转录组学,长链非编码,细胞株,FaDu,rLV,ZsGreen,Puro,慢病毒,差异基因,基因转录,基因本体,京都,基因组数据,Reactome,疾病本体,DO,功能分析,相对表达量,差异表达,LCP1,NT5E,CTGF,AXL,THBS1,Mar,PKP1,NOTCH3,CA2,SLC6A8,核仁,宿主基因
AB值：
0.259271
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