典型文献
肿瘤坏死因子-α相关椎间盘退变基因表达的生物信息学分析
文献摘要：
[目的]研究肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)相关退变椎间盘基因表达谱芯片数据,应用生物信息学方法挖掘TNF-α刺激后退变椎间盘的关键差异基因,初步探讨其相关信号通路及相互作用网络,为椎间盘退变分子机制研究提供线索.[方法]在公共数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载TNF-α刺激后退变椎间盘的基因芯片数据,通过R语言筛选出TNF-α刺激后退变椎间盘细胞的差异表达基因,利用DAVID、STRING在线工具对差异表达基因进行基因本体、信号通路及相互作用网络的分析.[结果]在TNF-α刺激后的退变椎间盘纤维环细胞中共找到754条关键差异表达基因,其中上调461条,下调293条;基因本体注释分析表明这些差异表达基因主要与细胞外基质、损伤反应、炎症反应、凋亡调控等相关;信号通路分析表明这些差异表达基因主要涉及到细胞因子相互作用、凋亡、NOD样受体、趋化因子转导等信号通路;相互作用网络分析表明JUN、CCL3、ANHK等基因可能在椎间盘退变中起关键作用.[结论]应用生物信息学方法分析TNF-α刺激后退变椎间盘基因表达谱发现CCL3等基因可能通过炎症反应在椎间盘退变的发生发展中起一定作用,生物信息学方法可发现一些潜在靶基因,为椎间盘退变的研究提供新的思路.
文献关键词：
椎间盘退变;TNF-α;基因表达谱;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
柳超;曹磊;王德国
作者机构：
上海市松江区中心医院骨科,上海201600
文献出处：
引用格式：
[1]柳超;曹磊;王德国-.肿瘤坏死因子-α相关椎间盘退变基因表达的生物信息学分析)[J].中国矫形外科杂志,2022(13):1204-1208
A类：
ANHK
B类：
椎间盘退变,生物信息学分析,tumor,necrosis,基因表达谱芯片,生物信息学方法,后退,关键差异基因,相互作用网络,提供线索,公共数据库,GEO,Gene,Expression,Omnibus,下载,基因芯片,差异表达基因,DAVID,STRING,基因本体,纤维环细胞,细胞外基质,通路分析,NOD,样受体,趋化因子,转导,JUN,CCL3,靶基因
AB值：
0.211424
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